| Fr., 21.09.2012 | SV Wehen Wiesbaden - 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 |
| Sa., 22.09.2012 | SV Babelsberg 03 - Alemannia Aachen | 1:0 |
| Sa., 22.09.2012 | SpVgg Unterhaching - Borussia Dortmund II | 4:3 |
| Sa., 22.09.2012 | Stuttgarter Kickers - 1. FC Saarbrücken | 1:2 |
| Sa., 22.09.2012 | FC Rot-Weiß Erfurt - Kickers Offenbach | 1:1 |
| Sa., 22.09.2012 | Karlsruher SC - SV Wacker Burghausen | 1:2 |
| Sa., 22.09.2012 | FC Hansa Rostock - Hallescher FC | 2:0 |
| Sa., 22.09.2012 | SV Darmstadt 98 - VfB Stuttgart II | 3:1 |
| Sa., 22.09.2012 | Chemnitzer FC - VfL Osnabrück | 0:2 |
| Sa., 22.09.2012 | SC Preußen Münster - Arminia Bielefeld | 4:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SpVgg Unterhaching | 10 | 7-1-2 | 20:13 | 7 | 22 | |
| 2. | |  | SC Preußen Münster | 10 | 6-3-1 | 20:7 | 13 | 21 | |
| 3. |  |  | Arminia Bielefeld | 10 | 6-2-2 | 17:12 | 5 | 20 | |
| 4. | |  | VfL Osnabrück | 10 | 6-1-3 | 12:7 | 5 | 19 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 10 | 5-3-2 | 19:14 | 5 | 18 | |
| 6. | |  | FC Hansa Rostock | 10 | 4-3-3 | 14:15 | -1 | 15 | |
| 7. | |  | VfB Stuttgart II | 10 | 4-2-4 | 13:12 | 1 | 14 | |
| 8. | |  | Chemnitzer FC | 10 | 4-2-4 | 12:12 | 0 | 14 | |
| 9. | |  | Hallescher FC | 10 | 3-4-3 | 8:8 | 0 | 13 | |
| 10. | |  | 1. FC Saarbrücken | 10 | 4-1-5 | 13:15 | -2 | 13 | |
| 11. | |  | SV Wacker Burghausen | 10 | 4-1-5 | 10:13 | -3 | 13 | |
| 12. | |  | Stuttgarter Kickers | 10 | 3-3-4 | 14:10 | 4 | 12 | |
| 13. | |  | Kickers Offenbach | 10 | 3-3-4 | 13:14 | -1 | 12 | |
| 14. | |  | Karlsruher SC | 10 | 2-5-3 | 11:9 | 2 | 11 | |
| 15. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 10 | 1-7-2 | 12:13 | -1 | 10 | |
| 16. | |  | SV Darmstadt 98 | 10 | 2-4-4 | 10:14 | -4 | 10 | |
| 17. | |  | Alemannia Aachen | 10 | 2-4-4 | 11:16 | -5 | 10 | |
| 18. | |  | SV Babelsberg 03 | 10 | 3-1-6 | 9:15 | -6 | 10 | |
| 19. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 10 | 2-3-5 | 11:16 | -5 | 9 | |
| 20. |  |  | Borussia Dortmund II | 10 | 1-3-6 | 9:23 | -14 | 6 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||