| Sa., 20.10.2012 | SV Babelsberg 03 - Karlsruher SC | 0:0 |
| Sa., 20.10.2012 | SpVgg Unterhaching - FC Rot-Weiß Erfurt | 2:2 |
| Sa., 20.10.2012 | Stuttgarter Kickers - SV Wacker Burghausen | 1:2 |
| Sa., 20.10.2012 | Hallescher FC - VfB Stuttgart II | 1:4 |
| Sa., 20.10.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - VfL Osnabrück | 1:3 |
| Sa., 20.10.2012 | SV Wehen Wiesbaden - Arminia Bielefeld | 0:1 |
| Sa., 20.10.2012 | FC Hansa Rostock - Alemannia Aachen | 1:0 |
| Sa., 20.10.2012 | SV Darmstadt 98 - Borussia Dortmund II | 1:2 |
| Sa., 20.10.2012 | SC Preußen Münster - Kickers Offenbach | 2:2 |
| So., 21.10.2012 | Chemnitzer FC - 1. FC Saarbrücken | 4:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SC Preußen Münster | 14 | 8-5-1 | 25:10 | 15 | 29 | |
| 2. | |  | VfL Osnabrück | 14 | 9-2-3 | 21:10 | 11 | 29 | |
| 3. |  |  | Arminia Bielefeld | 14 | 8-3-3 | 21:14 | 7 | 27 | |
| 4. |  |  | SpVgg Unterhaching | 14 | 8-3-3 | 26:20 | 6 | 27 | |
| 5. | |  | SV Wacker Burghausen | 14 | 8-1-5 | 21:15 | 6 | 25 | |
| 6. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 14 | 7-3-4 | 26:22 | 4 | 24 | |
| 7. | |  | FC Hansa Rostock | 14 | 7-3-4 | 18:18 | 0 | 24 | |
| 8. | |  | Kickers Offenbach | 14 | 6-4-4 | 26:18 | 8 | 22 | |
| 9. | |  | Chemnitzer FC | 14 | 6-3-5 | 19:16 | 3 | 21 | |
| 10. | |  | Karlsruher SC | 14 | 4-7-3 | 16:9 | 7 | 19 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 14 | 5-3-6 | 17:17 | 0 | 18 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 14 | 5-2-7 | 17:23 | -6 | 17 | |
| 13. | |  | Stuttgarter Kickers | 14 | 4-3-7 | 18:17 | 1 | 15 | |
| 14. | |  | Alemannia Aachen | 14 | 3-5-6 | 15:21 | -6 | 14 | |
| 15. | |  | Hallescher FC | 14 | 3-5-6 | 11:18 | -7 | 14 | |
| 16. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 14 | 1-10-3 | 15:17 | -2 | 13 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 14 | 3-3-8 | 11:21 | -10 | 12 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 14 | 2-5-7 | 13:21 | -8 | 11 | |
| 19. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 14 | 2-4-8 | 13:27 | -14 | 10 | |
| 20. | |  | Borussia Dortmund II | 14 | 2-4-8 | 12:27 | -15 | 10 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||