| Fr., 02.11.2012 | SpVgg Unterhaching - SV Wacker Burghausen | 3:0 |
| Fr., 02.11.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - Alemannia Aachen | 1:1 |
| Sa., 03.11.2012 | SV Babelsberg 03 - Stuttgarter Kickers | 1:0 |
| Sa., 03.11.2012 | VfB Stuttgart II - VfL Osnabrück | 1:2 |
| Sa., 03.11.2012 | Hallescher FC - Arminia Bielefeld | 2:2 |
| Sa., 03.11.2012 | SV Wehen Wiesbaden - Borussia Dortmund II | 3:1 |
| Sa., 03.11.2012 | FC Hansa Rostock - 1. FC Saarbrücken | 2:0 |
| Sa., 03.11.2012 | SV Darmstadt 98 - Kickers Offenbach | 1:0 |
| Sa., 03.11.2012 | Chemnitzer FC - Karlsruher SC | 1:2 |
| Sa., 03.11.2012 | SC Preußen Münster - FC Rot-Weiß Erfurt | 3:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | VfL Osnabrück | 16 | 11-2-3 | 25:11 | 14 | 35 | |
| 2. |  |  | SC Preußen Münster | 16 | 9-5-2 | 29:14 | 15 | 32 | |
| 3. |  |  | Arminia Bielefeld | 16 | 9-4-3 | 24:16 | 8 | 31 | |
| 4. | |  | SpVgg Unterhaching | 15 | 9-3-3 | 29:20 | 9 | 30 | |
| 5. | |  | FC Hansa Rostock | 16 | 8-4-4 | 20:18 | 2 | 28 | |
| 6. | |  | Karlsruher SC | 16 | 6-7-3 | 20:11 | 9 | 25 | |
| 7. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 16 | 7-4-5 | 27:24 | 3 | 25 | |
| 8. | |  | SV Wacker Burghausen | 16 | 8-1-7 | 22:21 | 1 | 25 | |
| 9. | |  | Kickers Offenbach | 16 | 6-5-5 | 26:19 | 7 | 23 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 16 | 6-4-6 | 20:18 | 2 | 22 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 16 | 6-3-7 | 21:20 | 1 | 21 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 16 | 6-2-8 | 20:26 | -6 | 20 | |
| 13. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 16 | 2-11-3 | 19:19 | 0 | 17 | |
| 14. | |  | Alemannia Aachen | 16 | 3-7-6 | 17:23 | -6 | 16 | |
| 15. | |  | Stuttgarter Kickers | 15 | 4-3-8 | 18:18 | 0 | 15 | |
| 16. | |  | Hallescher FC | 16 | 3-6-7 | 13:22 | -9 | 15 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 15 | 4-3-8 | 12:21 | -9 | 15 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 16 | 3-5-8 | 15:24 | -9 | 14 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 16 | 2-5-9 | 13:30 | -17 | 11 | |
| 20. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 15 | 2-4-9 | 15:30 | -15 | 10 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||