| Fr., 08.03.2013 | VfL Osnabrück - Chemnitzer FC | 2:2 |
| Sa., 09.03.2013 | Alemannia Aachen - SV Babelsberg 03 | 1:2 |
| Sa., 09.03.2013 | Borussia Dortmund II - SpVgg Unterhaching | 2:1 |
| Sa., 09.03.2013 | 1. FC Saarbrücken - Stuttgarter Kickers | 3:0 |
| Sa., 09.03.2013 | Kickers Offenbach - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:1 |
| Sa., 09.03.2013 | SV Wacker Burghausen - Karlsruher SC | 1:2 |
| Sa., 09.03.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - SV Wehen Wiesbaden | 2:2 |
| Sa., 09.03.2013 | VfB Stuttgart II - SV Darmstadt 98 | 0:2 |
| Sa., 09.03.2013 | Arminia Bielefeld - SC Preußen Münster | 1:1 |
| So., 10.03.2013 | Hallescher FC - FC Hansa Rostock | 3:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 29 | 17-9-3 | 51:18 | 33 | 60 | |
| 2. | |  | VfL Osnabrück | 29 | 17-6-6 | 48:25 | 23 | 57 | |
| 3. | |  | Arminia Bielefeld | 28 | 16-8-4 | 48:25 | 23 | 56 | |
| 4. | |  | SC Preußen Münster | 28 | 15-9-4 | 47:22 | 25 | 54 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 29 | 16-5-8 | 55:40 | 15 | 53 | |
| 6. | |  | SpVgg Unterhaching | 29 | 12-7-10 | 40:40 | 0 | 43 | |
| 7. | |  | Chemnitzer FC | 28 | 11-8-9 | 39:35 | 4 | 41 | |
| 8. |  |  | Hallescher FC | 29 | 10-7-12 | 30:38 | -8 | 37 | |
| 9. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 29 | 6-17-6 | 34:36 | -2 | 35 | |
| 10. |  |  | SV Wacker Burghausen | 27 | 10-5-12 | 33:37 | -4 | 35 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 26 | 9-6-11 | 28:31 | -3 | 33 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 29 | 9-6-14 | 39:49 | -10 | 33 | |
| 13. | |  | FC Hansa Rostock | 27 | 9-5-13 | 26:38 | -12 | 32 | |
| 14. | |  | Kickers Offenbach | 27 | 8-6-13 | 35:37 | -2 | 28 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 26 | 7-7-12 | 30:44 | -14 | 28 | |
| 16. | |  | Stuttgarter Kickers | 27 | 7-6-14 | 28:35 | -7 | 27 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 27 | 7-6-14 | 21:36 | -15 | 27 | |
| 18. | |  | Alemannia Aachen | 27 | 6-9-12 | 27:38 | -11 | 25 | |
| 19. | |  | SV Darmstadt 98 | 27 | 5-9-13 | 22:38 | -16 | 24 | |
| 20. | |  | Borussia Dortmund II | 26 | 5-9-12 | 26:45 | -19 | 24 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||