| Fr., 05.04.2013 | SV Darmstadt 98 - Alemannia Aachen | 0:0 |
| Sa., 06.04.2013 | Hallescher FC - SV Wacker Burghausen | 0:0 |
| Sa., 06.04.2013 | SV Wehen Wiesbaden - VfL Osnabrück | 3:2 |
| Sa., 06.04.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - VfB Stuttgart II | 1:0 |
| Sa., 06.04.2013 | Stuttgarter Kickers - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:1 |
| Sa., 06.04.2013 | SpVgg Unterhaching - Karlsruher SC | 2:1 |
| Sa., 06.04.2013 | SV Babelsberg 03 - Kickers Offenbach | 0:0 |
| Sa., 06.04.2013 | SC Preußen Münster - 1. FC Saarbrücken | 3:3 |
| Sa., 06.04.2013 | Chemnitzer FC - Borussia Dortmund II | 1:0 |
| Sa., 06.04.2013 | FC Hansa Rostock - Arminia Bielefeld | 0:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 32 | 19-9-4 | 56:20 | 36 | 66 | |
| 2. | |  | Arminia Bielefeld | 32 | 18-10-4 | 52:26 | 26 | 64 | |
| 3. | |  | VfL Osnabrück | 32 | 18-6-8 | 53:31 | 22 | 60 | |
| 4. | |  | SC Preußen Münster | 31 | 16-11-4 | 54:26 | 28 | 59 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 31 | 18-5-8 | 58:41 | 17 | 59 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 31 | 13-8-10 | 45:37 | 8 | 47 | |
| 7. | |  | SpVgg Unterhaching | 32 | 13-8-11 | 42:42 | 0 | 47 | |
| 8. |  |  | SV Wehen Wiesbaden | 32 | 8-18-6 | 40:39 | 1 | 42 | |
| 9. |  |  | SV Wacker Burghausen | 32 | 11-8-13 | 36:39 | -3 | 41 | |
| 10. | |  | VfB Stuttgart II | 31 | 10-9-12 | 30:33 | -3 | 39 | |
| 11. | |  | 1. FC Saarbrücken | 32 | 10-8-14 | 44:53 | -9 | 38 | |
| 12. | |  | Hallescher FC | 31 | 10-8-13 | 30:40 | -10 | 38 | |
| 13. | |  | Kickers Offenbach | 31 | 10-8-13 | 38:37 | 1 | 36 | |
| 14. | |  | FC Hansa Rostock | 31 | 9-7-15 | 28:43 | -15 | 34 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 30 | 8-8-14 | 31:46 | -15 | 32 | |
| 16. | |  | SV Darmstadt 98 | 31 | 6-12-13 | 23:38 | -15 | 30 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 30 | 7-8-15 | 22:38 | -16 | 29 | |
| 18. | |  | Stuttgarter Kickers | 32 | 7-7-18 | 29:43 | -14 | 28 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 29 | 6-10-13 | 27:46 | -19 | 28 | |
| 20. | |  | Alemannia Aachen | 31 | 6-10-15 | 29:49 | -20 | 26 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||