| Fr., 26.04.2013 | Kickers Offenbach - SV Darmstadt 98 | 0:2 |
| Fr., 26.04.2013 | Karlsruher SC - Chemnitzer FC | 4:1 |
| Sa., 27.04.2013 | Stuttgarter Kickers - SV Babelsberg 03 | 2:1 |
| Sa., 27.04.2013 | SV Wacker Burghausen - SpVgg Unterhaching | 3:1 |
| Sa., 27.04.2013 | VfL Osnabrück - VfB Stuttgart II | 2:0 |
| Sa., 27.04.2013 | Arminia Bielefeld - Hallescher FC | 2:1 |
| Sa., 27.04.2013 | Alemannia Aachen - 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 |
| Sa., 27.04.2013 | Borussia Dortmund II - SV Wehen Wiesbaden | 1:2 |
| Sa., 27.04.2013 | 1. FC Saarbrücken - FC Hansa Rostock | 1:1 |
| Sa., 27.04.2013 | FC Rot-Weiß Erfurt - SC Preußen Münster | 1:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 35 | 21-9-5 | 63:24 | 39 | 72 | |
| 2. |  |  | Arminia Bielefeld | 35 | 20-10-5 | 57:31 | 26 | 70 | |
| 3. |  |  | SC Preußen Münster | 35 | 19-12-4 | 59:28 | 31 | 69 | |
| 4. | |  | VfL Osnabrück | 35 | 20-7-8 | 59:34 | 25 | 67 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 35 | 20-7-8 | 65:44 | 21 | 67 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 35 | 14-9-12 | 49:44 | 5 | 51 | |
| 7. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 35 | 10-18-7 | 46:45 | 1 | 48 | |
| 8. | |  | SpVgg Unterhaching | 35 | 13-9-13 | 44:47 | -3 | 48 | |
| 9. | |  | SV Wacker Burghausen | 35 | 12-9-14 | 40:44 | -4 | 45 | |
| 10. | |  | 1. FC Saarbrücken | 35 | 12-9-14 | 49:55 | -6 | 45 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 35 | 11-10-14 | 33:36 | -3 | 43 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 35 | 11-8-16 | 36:49 | -13 | 41 | |
| 13. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 34 | 10-10-14 | 37:49 | -12 | 40 | |
| 14. | |  | Hallescher FC | 35 | 10-9-16 | 32:47 | -15 | 39 | |
| 15. | |  | Kickers Offenbach | 35 | 10-9-16 | 38:42 | -4 | 37 | |
| 16. | |  | Stuttgarter Kickers | 35 | 9-8-18 | 36:46 | -10 | 35 | |
| 17. | |  | SV Darmstadt 98 | 35 | 7-13-15 | 27:42 | -15 | 34 | |
| 18. | |  | SV Babelsberg 03 | 35 | 8-10-17 | 28:45 | -17 | 34 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 34 | 7-12-15 | 30:51 | -21 | 33 | |
| 20. | |  | Alemannia Aachen | 35 | 6-10-19 | 36:61 | -25 | 26 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||