| Sa., 11.08.2012 | SV Wacker Burghausen - SV Darmstadt 98 | 1:0 |
| Sa., 11.08.2012 | VfL Osnabrück - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:0 |
| Sa., 11.08.2012 | VfB Stuttgart II - Stuttgarter Kickers | 1:4 |
| Sa., 11.08.2012 | Hallescher FC - SpVgg Unterhaching | 0:1 |
| Sa., 11.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - SV Babelsberg 03 | 2:1 |
| Sa., 11.08.2012 | SV Wehen Wiesbaden - SC Preußen Münster | 2:2 |
| Sa., 11.08.2012 | Borussia Dortmund II - 1. FC Saarbrücken | 1:2 |
| Sa., 11.08.2012 | Alemannia Aachen - Kickers Offenbach | 1:3 |
| Sa., 11.08.2012 | Arminia Bielefeld - Karlsruher SC | 1:0 |
| So., 12.08.2012 | FC Hansa Rostock - Chemnitzer FC | 0:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SpVgg Unterhaching | 5 | 4-1-0 | 10:1 | 9 | 13 | |
| 2. | |  | VfL Osnabrück | 5 | 4-1-0 | 7:1 | 6 | 13 | |
| 3. |  |  | Arminia Bielefeld | 5 | 3-2-0 | 9:5 | 4 | 11 | |
| 4. |  |  | SC Preußen Münster | 5 | 3-1-1 | 11:6 | 5 | 10 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 5 | 3-1-1 | 11:8 | 3 | 10 | |
| 6. | |  | Hallescher FC | 5 | 2-2-1 | 4:1 | 3 | 8 | |
| 7. | |  | Alemannia Aachen | 5 | 2-2-1 | 8:8 | 0 | 8 | |
| 8. | |  | Chemnitzer FC | 5 | 2-1-2 | 5:4 | 1 | 7 | |
| 9. | |  | VfB Stuttgart II | 5 | 2-1-2 | 7:7 | 0 | 7 | |
| 10. | |  | FC Hansa Rostock | 5 | 2-1-2 | 8:10 | -2 | 7 | |
| 11. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 5 | 1-3-1 | 7:7 | 0 | 6 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 5 | 2-0-3 | 6:7 | -1 | 6 | |
| 13. | |  | SV Wacker Burghausen | 5 | 2-0-3 | 6:8 | -2 | 6 | |
| 14. | |  | Stuttgarter Kickers | 5 | 1-2-2 | 6:5 | 1 | 5 | |
| 15. | |  | Borussia Dortmund II | 5 | 1-2-2 | 5:7 | -2 | 5 | |
| 16. | |  | SV Babelsberg 03 | 5 | 1-1-3 | 6:9 | -3 | 4 | |
| 17. | |  | SV Darmstadt 98 | 5 | 1-1-3 | 3:7 | -4 | 4 | |
| 18. | |  | Karlsruher SC | 5 | 0-3-2 | 3:6 | -3 | 3 | |
| 19. | |  | Kickers Offenbach | 5 | 1-0-4 | 5:10 | -5 | 3 | |
| 20. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 5 | 0-1-4 | 2:12 | -10 | 1 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||