| Sa., 25.08.2012 | SpVgg Unterhaching - VfB Stuttgart II | 0:3 |
| Sa., 25.08.2012 | Stuttgarter Kickers - VfL Osnabrück | 3:0 |
| Sa., 25.08.2012 | FC Rot-Weiß Erfurt - Arminia Bielefeld | 0:2 |
| Sa., 25.08.2012 | Karlsruher SC - Alemannia Aachen | 0:0 |
| Sa., 25.08.2012 | Kickers Offenbach - Borussia Dortmund II | 3:0 |
| Sa., 25.08.2012 | 1. FC Saarbrücken - SV Wacker Burghausen | 3:0 |
| Sa., 25.08.2012 | SC Preußen Münster - 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 |
| Sa., 25.08.2012 | Chemnitzer FC - SV Wehen Wiesbaden | 3:2 |
| So., 26.08.2012 | SV Babelsberg 03 - Hallescher FC | 0:1 |
| So., 26.08.2012 | SV Darmstadt 98 - FC Hansa Rostock | 1:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Arminia Bielefeld | 6 | 4-2-0 | 11:5 | 6 | 14 | |
| 2. |  |  | SpVgg Unterhaching | 6 | 4-1-1 | 10:4 | 6 | 13 | |
| 3. | |  | VfL Osnabrück | 6 | 4-1-1 | 7:4 | 3 | 13 | |
| 4. |  |  | SC Preußen Münster | 6 | 3-2-1 | 12:7 | 5 | 11 | |
| 5. | |  | Hallescher FC | 6 | 3-2-1 | 5:1 | 4 | 11 | |
| 6. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 6 | 3-2-1 | 12:9 | 3 | 11 | |
| 7. | |  | VfB Stuttgart II | 6 | 3-1-2 | 10:7 | 3 | 10 | |
| 8. | |  | Chemnitzer FC | 6 | 3-1-2 | 8:6 | 2 | 10 | |
| 9. | |  | 1. FC Saarbrücken | 6 | 3-0-3 | 9:7 | 2 | 9 | |
| 10. | |  | Alemannia Aachen | 6 | 2-3-1 | 8:8 | 0 | 9 | |
| 11. | |  | Stuttgarter Kickers | 6 | 2-2-2 | 9:5 | 4 | 8 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 6 | 2-2-2 | 9:11 | -2 | 8 | |
| 13. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 6 | 1-3-2 | 9:10 | -1 | 6 | |
| 14. | |  | Kickers Offenbach | 6 | 2-0-4 | 8:10 | -2 | 6 | |
| 15. | |  | SV Wacker Burghausen | 6 | 2-0-4 | 6:11 | -5 | 6 | |
| 16. | |  | SV Darmstadt 98 | 6 | 1-2-3 | 4:8 | -4 | 5 | |
| 17. | |  | Borussia Dortmund II | 6 | 1-2-3 | 5:10 | -5 | 5 | |
| 18. | |  | Karlsruher SC | 6 | 0-4-2 | 3:6 | -3 | 4 | |
| 19. | |  | SV Babelsberg 03 | 6 | 1-1-4 | 6:10 | -4 | 4 | |
| 20. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 6 | 0-1-5 | 2:14 | -12 | 1 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||