| Fr., 30.09.2016 | SC Paderborn - FC Hansa Rostock | 0:3 |
| Fr., 30.09.2016 | FSV Zwickau - SG Sonnenhof Großaspach | 0:2 |
| Sa., 01.10.2016 | MSV Duisburg - Chemnitzer FC | 1:0 |
| Sa., 01.10.2016 | SC Fortuna Köln - Hallescher FC | 1:1 |
| Sa., 01.10.2016 | SF Lotte - FSV Frankfurt | 0:1 |
| Sa., 01.10.2016 | VfR Aalen - SC Preußen Münster | 1:0 |
| Sa., 01.10.2016 | SV Werder Bremen II - SV Wehen Wiesbaden | 0:1 |
| Sa., 01.10.2016 | 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel | 1:0 |
| Sa., 01.10.2016 | VfL Osnabrück - SSV Jahn Regensburg | 1:2 |
| So., 02.10.2016 | FSV Mainz 05 II - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 10 | 6-3-1 | 12:6 | 6 | 21 | |
| 2. |  |  | VfR Aalen | 10 | 4-5-1 | 13:9 | 4 | 17 | |
| 3. |  |  | SF Lotte | 10 | 5-2-3 | 15:12 | 3 | 17 | |
| 4. | |  | SSV Jahn Regensburg | 10 | 5-2-3 | 18:16 | 2 | 17 | |
| 5. | |  | VfL Osnabrück | 10 | 5-2-3 | 15:14 | 1 | 17 | |
| 6. | |  | SC Fortuna Köln | 10 | 5-2-3 | 13:13 | 0 | 17 | |
| 7. | |  | FC Hansa Rostock | 10 | 4-4-2 | 14:7 | 7 | 16 | |
| 8. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 10 | 5-1-4 | 14:9 | 5 | 16 | |
| 9. | |  | 1. FC Magdeburg | 10 | 5-1-4 | 15:11 | 4 | 16 | |
| 10. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 10 | 4-3-3 | 18:12 | 6 | 15 | |
| 11. | |  | Holstein Kiel | 10 | 4-2-4 | 13:7 | 6 | 14 | |
| 12. | |  | Hallescher FC | 10 | 3-5-2 | 11:10 | 1 | 14 | |
| 13. | |  | FSV Frankfurt | 10 | 3-4-3 | 13:12 | 1 | 13 | |
| 14. | |  | Chemnitzer FC | 10 | 3-3-4 | 11:11 | 0 | 12 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 10 | 3-3-4 | 10:14 | -4 | 12 | |
| 16. | |  | SC Paderborn | 10 | 4-0-6 | 14:20 | -6 | 12 | |
| 17. | |  | SV Werder Bremen II | 10 | 3-0-7 | 9:20 | -11 | 9 | |
| 18. | |  | FSV Zwickau | 10 | 2-2-6 | 10:19 | -9 | 8 | |
| 19. | |  | SC Preußen Münster | 10 | 2-1-7 | 10:15 | -5 | 7 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 10 | 1-3-6 | 9:20 | -11 | 6 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||