| Sa., 08.04.2017 | SV Werder Bremen II - Chemnitzer FC | 0:0 |
| Sa., 08.04.2017 | SV Wehen Wiesbaden - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:0 |
| Sa., 08.04.2017 | SC Fortuna Köln - SF Lotte | 3:0 |
| Sa., 08.04.2017 | FSV Zwickau - VfR Aalen | 2:1 |
| Sa., 08.04.2017 | SC Paderborn - FSV Frankfurt | 3:0 |
| Sa., 08.04.2017 | VfL Osnabrück - Hallescher FC | 1:2 |
| Sa., 08.04.2017 | MSV Duisburg - SG Sonnenhof Großaspach | 2:1 |
| So., 09.04.2017 | Holstein Kiel - SC Preußen Münster | 0:0 |
| So., 09.04.2017 | FSV Mainz 05 II - FC Hansa Rostock | 2:4 |
| So., 09.04.2017 | 1. FC Magdeburg - SSV Jahn Regensburg | 1:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 32 | 15-12-5 | 38:25 | 13 | 57 | |
| 2. |  |  | Holstein Kiel | 32 | 13-12-7 | 47:23 | 24 | 51 | |
| 3. |  |  | 1. FC Magdeburg | 32 | 14-9-9 | 44:30 | 14 | 51 | |
| 4. | |  | VfR Aalen | 32 | 12-14-6 | 44:29 | 15 | 50 | |
| 5. | |  | SSV Jahn Regensburg | 32 | 14-8-10 | 50:42 | 8 | 50 | |
| 6. | |  | FSV Zwickau | 32 | 14-7-11 | 40:40 | 0 | 49 | |
| 7. | |  | VfL Osnabrück | 32 | 14-6-12 | 43:39 | 4 | 48 | |
| 8. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 32 | 13-7-12 | 44:40 | 4 | 46 | |
| 9. | |  | Chemnitzer FC | 32 | 12-9-11 | 45:40 | 5 | 45 | |
| 10. | |  | Hallescher FC | 32 | 10-15-7 | 29:27 | 2 | 45 | |
| 11. | |  | SC Fortuna Köln | 32 | 11-10-11 | 32:44 | -12 | 43 | |
| 12. | |  | SF Lotte | 32 | 12-6-14 | 39:37 | 2 | 42 | |
| 13. | |  | FC Hansa Rostock | 32 | 9-15-8 | 38:36 | 2 | 42 | |
| 14. | |  | SC Preußen Münster | 32 | 12-5-15 | 37:38 | -1 | 41 | |
| 15. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 31 | 10-9-12 | 30:35 | -5 | 39 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 32 | 10-8-14 | 25:39 | -14 | 38 | |
| 17. | |  | SV Werder Bremen II | 31 | 10-7-14 | 25:40 | -15 | 37 | |
| 18. | |  | SC Paderborn | 32 | 9-6-17 | 32:51 | -19 | 33 | |
| 19. | |  | FSV Frankfurt | 32 | 7-11-14 | 32:35 | -3 | 32 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 32 | 7-6-19 | 26:50 | -24 | 27 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||