| Fr., 05.05.2017 | SV Werder Bremen II - Hallescher FC | 1:1 |
| Fr., 05.05.2017 | FC Rot-Weiß Erfurt - SSV Jahn Regensburg | 1:4 |
| Sa., 06.05.2017 | SC Paderborn - FSV Zwickau | 1:1 |
| Sa., 06.05.2017 | VfL Osnabrück - SC Fortuna Köln | 1:2 |
| Sa., 06.05.2017 | MSV Duisburg - SF Lotte | 1:1 |
| Sa., 06.05.2017 | FSV Mainz 05 II - VfR Aalen | 2:0 |
| Sa., 06.05.2017 | 1. FC Magdeburg - FSV Frankfurt | 1:1 |
| Sa., 06.05.2017 | SV Wehen Wiesbaden - SG Sonnenhof Großaspach | 0:0 |
| Sa., 06.05.2017 | Holstein Kiel - FC Hansa Rostock | 2:1 |
| So., 07.05.2017 | Chemnitzer FC - SC Preußen Münster | 0:3 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 36 | 16-14-6 | 44:31 | 13 | 62 | |
| 2. | |  | Holstein Kiel | 36 | 16-13-7 | 55:25 | 30 | 61 | |
| 3. |  |  | 1. FC Magdeburg | 36 | 15-12-9 | 49:34 | 15 | 57 | |
| 4. | |  | SSV Jahn Regensburg | 36 | 16-9-11 | 58:48 | 10 | 57 | |
| 5. |  |  | VfR Aalen | 36 | 14-14-8 | 50:33 | 17 | 56 | |
| 6. | |  | VfL Osnabrück | 36 | 15-8-13 | 46:42 | 4 | 53 | |
| 7. | |  | FSV Zwickau | 36 | 15-8-13 | 45:49 | -4 | 53 | |
| 8. | |  | SC Preußen Münster | 36 | 15-6-15 | 49:41 | 8 | 51 | |
| 9. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 36 | 14-9-13 | 47:43 | 4 | 51 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 36 | 13-10-13 | 50:48 | 2 | 49 | |
| 11. | |  | Hallescher FC | 36 | 10-18-8 | 34:33 | 1 | 48 | |
| 12. | |  | SF Lotte | 36 | 13-8-15 | 43:42 | 1 | 47 | |
| 13. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 36 | 12-11-13 | 38:41 | -3 | 47 | |
| 14. | |  | FC Hansa Rostock | 36 | 10-16-10 | 43:42 | 1 | 46 | |
| 15. | |  | SC Fortuna Köln | 36 | 12-10-14 | 37:52 | -15 | 46 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 36 | 10-11-15 | 28:45 | -17 | 41 | |
| 17. | |  | SC Paderborn | 36 | 11-7-18 | 37:57 | -20 | 40 | |
| 18. | |  | SV Werder Bremen II | 36 | 10-9-17 | 27:48 | -21 | 39 | |
| 19. | |  | FSV Mainz 05 II | 36 | 10-6-20 | 34:55 | -21 | 36 | |
| 20. | |  | FSV Frankfurt | 36 | 7-13-16 | 37:42 | -5 | 34 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||