| Fr., 09.09.2016 | VfR Aalen - FC Hansa Rostock | 1:1 |
| Fr., 09.09.2016 | Hallescher FC - SC Preußen Münster | 2:1 |
| Fr., 09.09.2016 | VfL Osnabrück - SV Wehen Wiesbaden | 1:0 |
| Sa., 10.09.2016 | SC Fortuna Köln - Chemnitzer FC | 1:0 |
| Sa., 10.09.2016 | SF Lotte - SSV Jahn Regensburg | 3:2 |
| Sa., 10.09.2016 | FSV Frankfurt - SG Sonnenhof Großaspach | 1:3 |
| Sa., 10.09.2016 | FSV Mainz 05 II - 1. FC Magdeburg | 1:0 |
| Sa., 10.09.2016 | MSV Duisburg - SV Werder Bremen II | 1:0 |
| So., 11.09.2016 | SC Paderborn - Holstein Kiel | 1:3 |
| So., 11.09.2016 | FSV Zwickau - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 6 | 4-2-0 | 10:3 | 7 | 14 | |
| 2. | |  | VfR Aalen | 6 | 3-3-0 | 8:4 | 4 | 12 | |
| 3. |  |  | SC Fortuna Köln | 6 | 4-0-2 | 7:6 | 1 | 12 | |
| 4. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 6 | 3-2-1 | 11:5 | 6 | 11 | |
| 5. | |  | SF Lotte | 6 | 3-2-1 | 10:7 | 3 | 11 | |
| 6. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 6 | 3-2-1 | 8:6 | 2 | 11 | |
| 7. | |  | VfL Osnabrück | 6 | 3-2-1 | 10:9 | 1 | 11 | |
| 8. | |  | Holstein Kiel | 6 | 3-1-2 | 10:5 | 5 | 10 | |
| 9. |  |  | SSV Jahn Regensburg | 6 | 3-1-2 | 11:9 | 2 | 10 | |
| 10. | |  | Hallescher FC | 6 | 2-2-2 | 6:7 | -1 | 8 | |
| 11. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 6 | 2-1-3 | 8:5 | 3 | 7 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 6 | 1-4-1 | 3:4 | -1 | 7 | |
| 13. | |  | Chemnitzer FC | 6 | 1-3-2 | 5:6 | -1 | 6 | |
| 14. | |  | SC Paderborn | 6 | 2-0-4 | 7:11 | -4 | 6 | |
| 15. | |  | SV Werder Bremen II | 6 | 2-0-4 | 7:12 | -5 | 6 | |
| 16. | |  | FSV Zwickau | 6 | 1-2-3 | 6:11 | -5 | 5 | |
| 17. | |  | FSV Mainz 05 II | 6 | 1-2-3 | 6:12 | -6 | 5 | |
| 18. | |  | 1. FC Magdeburg | 6 | 1-1-4 | 6:9 | -3 | 4 | |
| 19. | |  | SC Preußen Münster | 6 | 1-1-4 | 3:7 | -4 | 4 | |
| 20. | |  | FSV Frankfurt | 6 | 0-3-3 | 5:9 | -4 | 3 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||