| Fr., 28.04.2006 | FC St. Pauli - SG Wattenscheid 09 | 2:1 |
| Fr., 28.04.2006 | Fortuna Düsseldorf - Hertha BSC Berlin II | 1:0 |
| Sa., 29.04.2006 | BSV Kickers Emden - Chemnitzer FC | 5:0 |
| Sa., 29.04.2006 | Rot-Weiß Oberhausen - Bayer Leverkusen II | 0:4 |
| Sa., 29.04.2006 | 1. FC Köln II - Rot-Weiß Essen | 1:1 |
| Sa., 29.04.2006 | SV Werder Bremen II - Holstein Kiel | 3:0 |
| Sa., 29.04.2006 | FC Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena | 0:1 |
| Sa., 29.04.2006 | VfB Lübeck - SC Preußen Münster | 2:1 |
| So., 30.04.2006 | Hamburger SV II - VfL Osnabrück | 2:0 |
| spielfrei | Wuppertaler SV |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | FC Carl Zeiss Jena | 32 | 21-5-6 | 54:28 | 26 | 68 | |
| 2. |  |  | Rot-Weiß Essen | 32 | 20-6-6 | 60:31 | 29 | 66 | |
| 3. |  |  | Holstein Kiel | 32 | 18-8-6 | 59:36 | 23 | 62 | |
| 4. | |  | VfB Lübeck | 32 | 18-8-6 | 53:31 | 22 | 62 | |
| 5. | |  | FC St. Pauli | 33 | 16-9-8 | 49:34 | 15 | 57 | |
| 6. | |  | Fortuna Düsseldorf | 32 | 15-9-8 | 52:40 | 12 | 54 | |
| 7. | |  | Hertha BSC Berlin II | 33 | 15-6-12 | 50:41 | 9 | 51 | |
| 8. | |  | VfL Osnabrück | 32 | 13-6-13 | 51:50 | 1 | 45 | |
| 9. | |  | Wuppertaler SV | 32 | 11-11-10 | 36:38 | -2 | 44 | |
| 10. | |  | BSV Kickers Emden | 32 | 12-7-13 | 45:39 | 6 | 43 | |
| 11. | |  | Bayer Leverkusen II | 33 | 11-5-17 | 50:60 | -10 | 38 | |
| 12. | |  | SV Werder Bremen II | 32 | 10-7-15 | 40:43 | -3 | 37 | |
| 13. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 32 | 10-7-15 | 34:45 | -11 | 37 | |
| 14. | |  | Hamburger SV II | 32 | 10-6-16 | 34:41 | -7 | 36 | |
| 15. | |  | SG Wattenscheid 09 | 31 | 9-8-14 | 43:53 | -10 | 35 | |
| 16. | |  | SC Preußen Münster | 32 | 9-6-17 | 29:45 | -16 | 33 | |
| 17. | |  | Rot-Weiß Oberhausen | 32 | 8-9-15 | 26:47 | -21 | 33 | |
| 18. | |  | 1. FC Köln II | 33 | 6-7-20 | 36:66 | -30 | 25 | |
| 19. | |  | Chemnitzer FC | 31 | 5-6-20 | 29:62 | -33 | 21 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: 1) Die Partie zwischen Fortuna Düsseldorf und dem BSV Kickers Emden (1:2 am 9. Spieltag) wurde vom DFB am 18.11.05 mit 2:0 für Fortuna gewertet, da Kickers-Spieler Falk Schindler positiv getestet wurde. Der Einspruch von Emden brachte am 03.02.06 nur eine Bestätigung des DFB-Urteils.. | |||||||||