| Sa., 06.05.2006 | Chemnitzer FC - VfB Lübeck | 1:4 |
| Sa., 06.05.2006 | Rot-Weiß Essen - FC St. Pauli | 2:0 |
| Sa., 06.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena - BSV Kickers Emden | 2:0 |
| Sa., 06.05.2006 | Holstein Kiel - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:0 |
| Sa., 06.05.2006 | VfL Osnabrück - SV Werder Bremen II | 1:3 |
| Sa., 06.05.2006 | SG Wattenscheid 09 - Hamburger SV II | 2:4 |
| So., 07.05.2006 | Bayer Leverkusen II - Wuppertaler SV | 2:1 |
| So., 07.05.2006 | Hertha BSC Berlin II - Rot-Weiß Oberhausen | 4:0 |
| So., 07.05.2006 | SC Preußen Münster - Fortuna Düsseldorf | 2:0 |
| spielfrei | 1. FC Köln II |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | FC Carl Zeiss Jena | 33 | 22-5-6 | 56:28 | 28 | 71 | |
| 2. | |  | Rot-Weiß Essen | 33 | 21-6-6 | 62:31 | 31 | 69 | |
| 3. |  |  | VfB Lübeck | 33 | 19-8-6 | 57:32 | 25 | 65 | |
| 4. |  |  | Holstein Kiel | 33 | 18-9-6 | 59:36 | 23 | 63 | |
| 5. | |  | FC St. Pauli | 34 | 16-9-9 | 49:36 | 13 | 57 | |
| 6. | |  | Hertha BSC Berlin II | 34 | 16-6-12 | 54:41 | 13 | 54 | |
| 7. | |  | Fortuna Düsseldorf | 33 | 15-9-9 | 52:42 | 10 | 54 | |
| 8. | |  | VfL Osnabrück | 33 | 13-6-14 | 52:53 | -1 | 45 | |
| 9. | |  | Wuppertaler SV | 33 | 11-11-11 | 37:40 | -3 | 44 | |
| 10. | |  | BSV Kickers Emden | 33 | 12-7-14 | 45:41 | 4 | 43 | |
| 11. | |  | Bayer Leverkusen II | 34 | 12-5-17 | 52:61 | -9 | 41 | |
| 12. | |  | SV Werder Bremen II | 33 | 11-7-15 | 43:44 | -1 | 40 | |
| 13. | |  | Hamburger SV II | 33 | 11-6-16 | 38:43 | -5 | 39 | |
| 14. | |  | SG Wattenscheid 09 | 33 | 10-8-15 | 48:58 | -10 | 38 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 33 | 10-8-15 | 34:45 | -11 | 38 | |
| 16. | |  | SC Preußen Münster | 33 | 10-6-17 | 31:45 | -14 | 36 | |
| 17. | |  | Rot-Weiß Oberhausen | 33 | 8-9-16 | 26:51 | -25 | 33 | |
| 18. | |  | 1. FC Köln II | 33 | 6-7-20 | 36:66 | -30 | 25 | |
| 19. | |  | Chemnitzer FC | 33 | 5-6-22 | 31:69 | -38 | 21 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: 1) Die Partie zwischen Fortuna Düsseldorf und dem BSV Kickers Emden (1:2 am 9. Spieltag) wurde vom DFB am 18.11.05 mit 2:0 für Fortuna gewertet, da Kickers-Spieler Falk Schindler positiv getestet wurde. Der Einspruch von Emden brachte am 03.02.06 nur eine Bestätigung des DFB-Urteils.. | |||||||||