| Mi., 03.05.2006 | Hamburger SV II - Rot-Weiß Essen | 3:4 |
| Fr., 12.05.2006 | Fortuna Düsseldorf - Chemnitzer FC | 4:3 |
| Fr., 12.05.2006 | FC St. Pauli - 1. FC Köln II | 3:1 |
| Sa., 13.05.2006 | SV Werder Bremen II - SG Wattenscheid 09 | 1:1 |
| Sa., 13.05.2006 | FC Rot-Weiß Erfurt - VfL Osnabrück | 1:1 |
| Sa., 13.05.2006 | BSV Kickers Emden - Holstein Kiel | 2:1 |
| Sa., 13.05.2006 | VfB Lübeck - FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |
| Sa., 13.05.2006 | Wuppertaler SV - Hertha BSC Berlin II | 0:0 |
| So., 14.05.2006 | Rot-Weiß Oberhausen - SC Preußen Münster | 1:2 |
| spielfrei | Bayer Leverkusen II |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Rot-Weiß Essen | 34 | 22-6-6 | 66:34 | 32 | 72 | |
| 2. |  |  | FC Carl Zeiss Jena | 34 | 22-6-6 | 56:28 | 28 | 72 | |
| 3. |  |  | VfB Lübeck | 34 | 19-9-6 | 57:32 | 25 | 66 | |
| 4. | |  | Holstein Kiel | 34 | 18-9-7 | 60:38 | 22 | 63 | |
| 5. | |  | FC St. Pauli | 35 | 17-9-9 | 52:37 | 15 | 60 | |
| 6. | |  | Fortuna Düsseldorf | 34 | 16-9-9 | 56:45 | 11 | 57 | |
| 7. | |  | Hertha BSC Berlin II | 35 | 16-7-12 | 54:41 | 13 | 55 | |
| 8. | |  | BSV Kickers Emden | 34 | 13-7-14 | 47:42 | 5 | 46 | |
| 9. | |  | VfL Osnabrück | 34 | 13-7-14 | 53:54 | -1 | 46 | |
| 10. | |  | Wuppertaler SV | 34 | 11-12-11 | 37:40 | -3 | 45 | |
| 11. | |  | SV Werder Bremen II | 34 | 11-8-15 | 44:45 | -1 | 41 | |
| 12. | |  | Bayer Leverkusen II | 34 | 12-5-17 | 52:61 | -9 | 41 | |
| 13. | |  | Hamburger SV II | 34 | 11-6-17 | 41:47 | -6 | 39 | |
| 14. | |  | SG Wattenscheid 09 | 34 | 10-9-15 | 49:59 | -10 | 39 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 34 | 10-9-15 | 35:46 | -11 | 39 | |
| 16. | |  | SC Preußen Münster | 34 | 11-6-17 | 33:46 | -13 | 39 | |
| 17. | |  | Rot-Weiß Oberhausen | 34 | 8-9-17 | 27:53 | -26 | 33 | |
| 18. | |  | 1. FC Köln II | 34 | 6-7-21 | 37:69 | -32 | 25 | |
| 19. | |  | Chemnitzer FC | 34 | 5-6-23 | 34:73 | -39 | 21 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: 1) Die Partie zwischen Fortuna Düsseldorf und dem BSV Kickers Emden (1:2 am 9. Spieltag) wurde vom DFB am 18.11.05 mit 2:0 für Fortuna gewertet, da Kickers-Spieler Falk Schindler positiv getestet wurde. Der Einspruch von Emden brachte am 03.02.06 nur eine Bestätigung des DFB-Urteils.. | |||||||||