| Di., 25.09.2012 | VfB Stuttgart II - FC Hansa Rostock | 0:2 |
| Di., 25.09.2012 | Hallescher FC - SV Wehen Wiesbaden | 1:1 |
| Di., 25.09.2012 | Borussia Dortmund II - SV Babelsberg 03 | 0:0 |
| Di., 25.09.2012 | Alemannia Aachen - SC Preußen Münster | 1:2 |
| Di., 25.09.2012 | Arminia Bielefeld - Chemnitzer FC | 0:0 |
| Mi., 26.09.2012 | SV Wacker Burghausen - 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 |
| Mi., 26.09.2012 | VfL Osnabrück - SV Darmstadt 98 | 1:0 |
| Mi., 26.09.2012 | Karlsruher SC - FC Rot-Weiß Erfurt | 3:0 |
| Mi., 26.09.2012 | Kickers Offenbach - Stuttgarter Kickers | 3:0 |
| Mi., 26.09.2012 | 1. FC Saarbrücken - SpVgg Unterhaching | 2:4 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SpVgg Unterhaching | 11 | 8-1-2 | 24:15 | 9 | 25 | |
| 2. | |  | SC Preußen Münster | 11 | 7-3-1 | 22:8 | 14 | 24 | |
| 3. |  |  | VfL Osnabrück | 11 | 7-1-3 | 13:7 | 6 | 22 | |
| 4. |  |  | Arminia Bielefeld | 11 | 6-3-2 | 17:12 | 5 | 21 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 11 | 5-3-3 | 20:18 | 2 | 18 | |
| 6. | |  | FC Hansa Rostock | 11 | 5-3-3 | 16:15 | 1 | 18 | |
| 7. | |  | SV Wacker Burghausen | 11 | 5-1-5 | 14:14 | 0 | 16 | |
| 8. | |  | Kickers Offenbach | 11 | 4-3-4 | 16:14 | 2 | 15 | |
| 9. | |  | Chemnitzer FC | 11 | 4-3-4 | 12:12 | 0 | 15 | |
| 10. | |  | Karlsruher SC | 11 | 3-5-3 | 14:9 | 5 | 14 | |
| 11. | |  | Hallescher FC | 11 | 3-5-3 | 9:9 | 0 | 14 | |
| 12. | |  | VfB Stuttgart II | 11 | 4-2-5 | 13:14 | -1 | 14 | |
| 13. | |  | 1. FC Saarbrücken | 11 | 4-1-6 | 15:19 | -4 | 13 | |
| 14. | |  | Stuttgarter Kickers | 11 | 3-3-5 | 14:13 | 1 | 12 | |
| 15. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 11 | 1-8-2 | 13:14 | -1 | 11 | |
| 16. | |  | SV Babelsberg 03 | 11 | 3-2-6 | 9:15 | -6 | 11 | |
| 17. | |  | SV Darmstadt 98 | 11 | 2-4-5 | 10:15 | -5 | 10 | |
| 18. | |  | Alemannia Aachen | 11 | 2-4-5 | 12:18 | -6 | 10 | |
| 19. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 11 | 2-3-6 | 11:19 | -8 | 9 | |
| 20. | |  | Borussia Dortmund II | 11 | 1-4-6 | 9:23 | -14 | 7 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||