| Sa., 27.10.2012 | SV Wacker Burghausen - VfB Stuttgart II | 1:3 |
| Sa., 27.10.2012 | VfL Osnabrück - Hallescher FC | 2:0 |
| Sa., 27.10.2012 | Karlsruher SC - SC Preußen Münster | 2:1 |
| Sa., 27.10.2012 | Kickers Offenbach - Chemnitzer FC | 0:0 |
| Sa., 27.10.2012 | 1. FC Saarbrücken - SV Darmstadt 98 | 3:1 |
| Sa., 27.10.2012 | Borussia Dortmund II - FC Hansa Rostock | 0:0 |
| Sa., 27.10.2012 | Alemannia Aachen - SV Wehen Wiesbaden | 1:1 |
| Sa., 27.10.2012 | Arminia Bielefeld - 1. FC Heidenheim 1846 | 1:0 |
| Di., 13.11.2012 | Stuttgarter Kickers - SpVgg Unterhaching | 0:0 |
| Di., 13.11.2012 | FC Rot-Weiß Erfurt - SV Babelsberg 03 | 1:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | VfL Osnabrück | 15 | 10-2-3 | 23:10 | 13 | 32 | |
| 2. | |  | Arminia Bielefeld | 15 | 9-3-3 | 22:14 | 8 | 30 | |
| 3. |  |  | SC Preußen Münster | 15 | 8-5-2 | 26:12 | 14 | 29 | |
| 4. |  |  | SpVgg Unterhaching | 14 | 8-3-3 | 26:20 | 6 | 27 | |
| 5. | |  | SV Wacker Burghausen | 15 | 8-1-6 | 22:18 | 4 | 25 | |
| 6. | |  | FC Hansa Rostock | 15 | 7-4-4 | 18:18 | 0 | 25 | |
| 7. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 15 | 7-3-5 | 26:23 | 3 | 24 | |
| 8. | |  | Kickers Offenbach | 15 | 6-5-4 | 26:18 | 8 | 23 | |
| 9. | |  | Karlsruher SC | 15 | 5-7-3 | 18:10 | 8 | 22 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 15 | 6-4-5 | 19:16 | 3 | 22 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 15 | 6-3-6 | 20:18 | 2 | 21 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 15 | 6-2-7 | 20:24 | -4 | 20 | |
| 13. | |  | Stuttgarter Kickers | 14 | 4-3-7 | 18:17 | 1 | 15 | |
| 14. | |  | Alemannia Aachen | 15 | 3-6-6 | 16:22 | -6 | 15 | |
| 15. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 15 | 1-11-3 | 16:18 | -2 | 14 | |
| 16. | |  | Hallescher FC | 15 | 3-5-7 | 11:20 | -9 | 14 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 14 | 3-3-8 | 11:21 | -10 | 12 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 15 | 2-5-8 | 14:24 | -10 | 11 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 15 | 2-5-8 | 12:27 | -15 | 11 | |
| 20. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 14 | 2-4-8 | 13:27 | -14 | 10 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||