| Fr., 09.11.2012 | SpVgg Unterhaching - SV Babelsberg 03 | 0:1 |
| Fr., 09.11.2012 | Kickers Offenbach - FC Hansa Rostock | 2:1 |
| Sa., 10.11.2012 | SV Wacker Burghausen - VfL Osnabrück | 1:1 |
| Sa., 10.11.2012 | Stuttgarter Kickers - SC Preußen Münster | 0:2 |
| Sa., 10.11.2012 | FC Rot-Weiß Erfurt - Chemnitzer FC | 3:2 |
| Sa., 10.11.2012 | Karlsruher SC - SV Darmstadt 98 | 2:0 |
| Sa., 10.11.2012 | 1. FC Saarbrücken - SV Wehen Wiesbaden | 3:3 |
| Sa., 10.11.2012 | Borussia Dortmund II - 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 |
| Sa., 10.11.2012 | Alemannia Aachen - Hallescher FC | 0:3 |
| Sa., 10.11.2012 | Arminia Bielefeld - VfB Stuttgart II | 1:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | VfL Osnabrück | 17 | 11-3-3 | 26:12 | 14 | 36 | |
| 2. | |  | SC Preußen Münster | 17 | 10-5-2 | 31:14 | 17 | 35 | |
| 3. | |  | Arminia Bielefeld | 17 | 9-5-3 | 25:17 | 8 | 32 | |
| 4. | |  | SpVgg Unterhaching | 17 | 9-4-4 | 29:21 | 8 | 31 | |
| 5. |  |  | Karlsruher SC | 17 | 7-7-3 | 22:11 | 11 | 28 | |
| 6. |  |  | FC Hansa Rostock | 17 | 8-4-5 | 21:20 | 1 | 28 | |
| 7. | |  | Kickers Offenbach | 17 | 7-5-5 | 28:20 | 8 | 26 | |
| 8. | |  | SV Wacker Burghausen | 17 | 8-2-7 | 23:22 | 1 | 26 | |
| 9. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 17 | 7-4-6 | 28:26 | 2 | 25 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 17 | 6-4-7 | 22:21 | 1 | 22 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 17 | 6-4-7 | 22:21 | 1 | 22 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 17 | 6-3-8 | 23:29 | -6 | 21 | |
| 13. | |  | SV Babelsberg 03 | 17 | 5-4-8 | 14:22 | -8 | 19 | |
| 14. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 17 | 2-12-3 | 22:22 | 0 | 18 | |
| 15. | |  | Hallescher FC | 17 | 4-6-7 | 16:22 | -6 | 18 | |
| 16. | |  | Stuttgarter Kickers | 17 | 4-4-9 | 18:20 | -2 | 16 | |
| 17. | |  | Alemannia Aachen | 17 | 3-7-7 | 17:26 | -9 | 16 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 17 | 3-5-9 | 15:26 | -11 | 14 | |
| 19. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 17 | 3-5-9 | 19:33 | -14 | 14 | |
| 20. | |  | Borussia Dortmund II | 17 | 3-5-9 | 15:31 | -16 | 14 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||