| Fr., 16.11.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - 1. FC Saarbrücken | 3:0 |
| Sa., 17.11.2012 | SV Wacker Burghausen - SV Babelsberg 03 | 3:1 |
| Sa., 17.11.2012 | VfL Osnabrück - Arminia Bielefeld | 0:0 |
| Sa., 17.11.2012 | VfB Stuttgart II - Alemannia Aachen | 2:1 |
| Sa., 17.11.2012 | Hallescher FC - Borussia Dortmund II | 0:1 |
| Sa., 17.11.2012 | SV Wehen Wiesbaden - Kickers Offenbach | 2:1 |
| Sa., 17.11.2012 | FC Hansa Rostock - Karlsruher SC | 0:3 |
| Sa., 17.11.2012 | Chemnitzer FC - Stuttgarter Kickers | 2:0 |
| Sa., 17.11.2012 | SC Preußen Münster - SpVgg Unterhaching | 0:0 |
| So., 18.11.2012 | SV Darmstadt 98 - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | VfL Osnabrück | 18 | 11-4-3 | 26:12 | 14 | 37 | |
| 2. | |  | SC Preußen Münster | 18 | 10-6-2 | 31:14 | 17 | 36 | |
| 3. | |  | Arminia Bielefeld | 18 | 9-6-3 | 25:17 | 8 | 33 | |
| 4. | |  | SpVgg Unterhaching | 18 | 9-5-4 | 29:21 | 8 | 32 | |
| 5. | |  | Karlsruher SC | 18 | 8-7-3 | 25:11 | 14 | 31 | |
| 6. |  |  | SV Wacker Burghausen | 18 | 9-2-7 | 26:23 | 3 | 29 | |
| 7. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 18 | 8-4-6 | 31:26 | 5 | 28 | |
| 8. |  |  | FC Hansa Rostock | 18 | 8-4-6 | 21:23 | -2 | 28 | |
| 9. | |  | Kickers Offenbach | 18 | 7-5-6 | 29:22 | 7 | 26 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 18 | 7-4-7 | 24:21 | 3 | 25 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 18 | 7-4-7 | 24:22 | 2 | 25 | |
| 12. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 18 | 3-12-3 | 24:23 | 1 | 21 | |
| 13. | |  | 1. FC Saarbrücken | 18 | 6-3-9 | 23:32 | -9 | 21 | |
| 14. | |  | SV Babelsberg 03 | 18 | 5-4-9 | 15:25 | -10 | 19 | |
| 15. | |  | Hallescher FC | 18 | 4-6-8 | 16:23 | -7 | 18 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 18 | 4-5-9 | 20:33 | -13 | 17 | |
| 17. | |  | Borussia Dortmund II | 18 | 4-5-9 | 16:31 | -15 | 17 | |
| 18. | |  | Stuttgarter Kickers | 18 | 4-4-10 | 18:22 | -4 | 16 | |
| 19. | |  | Alemannia Aachen | 18 | 3-7-8 | 18:28 | -10 | 16 | |
| 20. | |  | SV Darmstadt 98 | 18 | 3-5-10 | 15:27 | -12 | 14 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||