| Sa., 08.12.2012 | FC Hansa Rostock - SpVgg Unterhaching | 0:1 |
| Sa., 08.12.2012 | Hallescher FC - Karlsruher SC | 0:2 |
| Sa., 08.12.2012 | VfL Osnabrück - 1. FC Saarbrücken | 3:0 |
| Sa., 08.12.2012 | Arminia Bielefeld - Borussia Dortmund II | 4:2 |
| So., 09.12.2012 | Chemnitzer FC - SC Preußen Münster | 2:2 |
| Mi., 30.01.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - FC Rot-Weiß Erfurt | 2:1 |
| Mi., 30.01.2013 | SV Wehen Wiesbaden - Stuttgarter Kickers | 0:2 |
| Di., 05.02.2013 | VfB Stuttgart II - Kickers Offenbach | 1:0 |
| Mi., 13.02.2013 | SV Darmstadt 98 - SV Babelsberg 03 | 0:0 |
| Sa., 23.03.2013 | SV Wacker Burghausen - Alemannia Aachen | 2:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | VfL Osnabrück | 21 | 13-5-3 | 31:13 | 18 | 44 | |
| 2. |  |  | Karlsruher SC | 21 | 11-7-3 | 36:13 | 23 | 40 | |
| 3. |  |  | SC Preußen Münster | 21 | 11-7-3 | 35:17 | 18 | 40 | |
| 4. | |  | Arminia Bielefeld | 21 | 11-6-4 | 33:21 | 12 | 39 | |
| 5. | |  | SpVgg Unterhaching | 21 | 11-6-4 | 36:26 | 10 | 39 | |
| 6. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 20 | 9-4-7 | 34:31 | 3 | 31 | |
| 7. | |  | VfB Stuttgart II | 20 | 8-5-7 | 26:22 | 4 | 29 | |
| 8. | |  | SV Wacker Burghausen | 20 | 9-2-9 | 26:28 | -2 | 29 | |
| 9. | |  | FC Hansa Rostock | 21 | 8-5-8 | 22:27 | -5 | 29 | |
| 10. | |  | Chemnitzer FC | 21 | 7-6-8 | 30:28 | 2 | 27 | |
| 11. | |  | Kickers Offenbach | 20 | 7-5-8 | 29:24 | 5 | 26 | |
| 12. | |  | 1. FC Saarbrücken | 21 | 7-4-10 | 28:35 | -7 | 25 | |
| 13. | |  | SV Babelsberg 03 | 20 | 6-5-9 | 17:26 | -9 | 23 | |
| 14. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 20 | 3-13-4 | 26:29 | -3 | 22 | |
| 15. | |  | Hallescher FC | 21 | 5-6-10 | 17:30 | -13 | 21 | |
| 16. | |  | Stuttgarter Kickers | 20 | 5-5-10 | 21:23 | -2 | 20 | |
| 17. | |  | Alemannia Aachen | 20 | 4-7-9 | 20:30 | -10 | 19 | |
| 18. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 20 | 4-7-9 | 23:36 | -13 | 19 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 21 | 4-6-11 | 19:38 | -19 | 18 | |
| 20. | |  | SV Darmstadt 98 | 20 | 3-7-10 | 18:30 | -12 | 16 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||