| Spiele | Siege | Remis | Niederl. | Tore | Diff. | Punkte | |||
| 1. |  | Karlsruher SC | 24 | 13 | 8 | 3 | 42:16 | 26 | 47 |
| 2. | | SC Preußen Münster | 24 | 13 | 8 | 3 | 40:17 | 23 | 47 |
| 3. |  | VfL Osnabrück | 24 | 14 | 5 | 5 | 39:19 | 20 | 47 |
| 4. |  | Arminia Bielefeld | 23 | 12 | 7 | 4 | 36:22 | 14 | 43 |
| 5. | | 1. FC Heidenheim 1846 | 24 | 13 | 4 | 7 | 44:35 | 9 | 43 |
| 6. | | SpVgg Unterhaching | 23 | 11 | 6 | 6 | 38:31 | 7 | 39 |
| 7. | | Chemnitzer FC | 23 | 9 | 6 | 8 | 34:30 | 4 | 33 |
| 8. | | VfB Stuttgart II | 23 | 9 | 5 | 9 | 28:28 | 0 | 32 |
| 9. | | SV Wacker Burghausen | 23 | 9 | 4 | 10 | 29:32 | -3 | 31 |
| 10. | | FC Hansa Rostock | 23 | 8 | 5 | 10 | 23:31 | -8 | 29 |
| 11. | | Stuttgarter Kickers | 24 | 7 | 6 | 11 | 27:26 | 1 | 27 |
| 12. | | Kickers Offenbach | 24 | 7 | 6 | 11 | 32:34 | -2 | 27 |
| 13. | | SV Wehen Wiesbaden | 23 | 4 | 14 | 5 | 27:31 | -4 | 26 |
| 14. | | 1. FC Saarbrücken | 23 | 7 | 5 | 11 | 31:40 | -9 | 26 |
| 15. | | FC Rot-Weiß Erfurt | 23 | 6 | 7 | 10 | 28:40 | -12 | 25 |
| 16. | | Hallescher FC | 24 | 6 | 7 | 11 | 22:34 | -12 | 25 |
| 17. | | Alemannia Aachen | 23 | 5 | 9 | 9 | 23:31 | -8 | 24 |
| 18. | | SV Babelsberg 03 | 22 | 6 | 5 | 11 | 19:31 | -12 | 23 |
| 19. | | Borussia Dortmund II | 24 | 4 | 9 | 11 | 24:43 | -19 | 21 |
| 20. | | SV Darmstadt 98 | 22 | 3 | 8 | 11 | 18:33 | -15 | 17 |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||