| Sa., 02.02.2013 | SV Darmstadt 98 - SV Wacker Burghausen | 0:0 |
| Sa., 02.02.2013 | FC Rot-Weiß Erfurt - VfL Osnabrück | 2:1 |
| Sa., 02.02.2013 | Stuttgarter Kickers - VfB Stuttgart II | 3:0 |
| Sa., 02.02.2013 | SV Babelsberg 03 - 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 |
| Sa., 02.02.2013 | SC Preußen Münster - SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |
| Sa., 02.02.2013 | Chemnitzer FC - FC Hansa Rostock | 2:1 |
| Sa., 02.02.2013 | Kickers Offenbach - Alemannia Aachen | 1:1 |
| Sa., 02.02.2013 | Karlsruher SC - Arminia Bielefeld | 0:0 |
| So., 03.02.2013 | SpVgg Unterhaching - Hallescher FC | 1:3 |
| So., 03.02.2013 | 1. FC Saarbrücken - Borussia Dortmund II | 3:3 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 24 | 13-8-3 | 42:16 | 26 | 47 | |
| 2. | |  | SC Preußen Münster | 24 | 13-8-3 | 40:17 | 23 | 47 | |
| 3. |  |  | VfL Osnabrück | 24 | 14-5-5 | 39:19 | 20 | 47 | |
| 4. |  |  | Arminia Bielefeld | 23 | 12-7-4 | 36:22 | 14 | 43 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 24 | 13-4-7 | 44:35 | 9 | 43 | |
| 6. | |  | SpVgg Unterhaching | 23 | 11-6-6 | 38:31 | 7 | 39 | |
| 7. | |  | Chemnitzer FC | 23 | 9-6-8 | 34:30 | 4 | 33 | |
| 8. | |  | VfB Stuttgart II | 23 | 9-5-9 | 28:28 | 0 | 32 | |
| 9. | |  | SV Wacker Burghausen | 23 | 9-4-10 | 29:32 | -3 | 31 | |
| 10. | |  | FC Hansa Rostock | 23 | 8-5-10 | 23:31 | -8 | 29 | |
| 11. | |  | Stuttgarter Kickers | 24 | 7-6-11 | 27:26 | 1 | 27 | |
| 12. | |  | Kickers Offenbach | 24 | 7-6-11 | 32:34 | -2 | 27 | |
| 13. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 23 | 4-14-5 | 27:31 | -4 | 26 | |
| 14. | |  | 1. FC Saarbrücken | 23 | 7-5-11 | 31:40 | -9 | 26 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 23 | 6-7-10 | 28:40 | -12 | 25 | |
| 16. | |  | Hallescher FC | 24 | 6-7-11 | 22:34 | -12 | 25 | |
| 17. | |  | Alemannia Aachen | 23 | 5-9-9 | 23:31 | -8 | 24 | |
| 18. | |  | SV Babelsberg 03 | 22 | 6-5-11 | 19:31 | -12 | 23 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 24 | 4-9-11 | 24:43 | -19 | 21 | |
| 20. | |  | SV Darmstadt 98 | 22 | 3-8-11 | 18:33 | -15 | 17 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||