| Fr., 08.02.2013 | SV Wehen Wiesbaden - Chemnitzer FC | 0:0 |
| Fr., 08.02.2013 | Alemannia Aachen - Karlsruher SC | 0:4 |
| Sa., 09.02.2013 | Hallescher FC - SV Babelsberg 03 | 1:0 |
| Sa., 09.02.2013 | Arminia Bielefeld - FC Rot-Weiß Erfurt | 2:0 |
| Sa., 09.02.2013 | SV Wacker Burghausen - 1. FC Saarbrücken | 2:1 |
| Sa., 09.02.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - SC Preußen Münster | 3:1 |
| So., 10.02.2013 | VfL Osnabrück - Stuttgarter Kickers | 3:1 |
| Di., 12.03.2013 | VfB Stuttgart II - SpVgg Unterhaching | 0:0 |
| Sa., 23.03.2013 | FC Hansa Rostock - SV Darmstadt 98 | 0:0 |
| Mi., 17.04.2013 | Borussia Dortmund II - Kickers Offenbach | 0:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 25 | 14-8-3 | 46:16 | 30 | 50 | |
| 2. |  |  | VfL Osnabrück | 25 | 15-5-5 | 42:20 | 22 | 50 | |
| 3. |  |  | SC Preußen Münster | 25 | 13-8-4 | 41:20 | 21 | 47 | |
| 4. | |  | Arminia Bielefeld | 24 | 13-7-4 | 38:22 | 16 | 46 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 25 | 14-4-7 | 47:36 | 11 | 46 | |
| 6. | |  | SpVgg Unterhaching | 24 | 11-6-7 | 38:33 | 5 | 39 | |
| 7. | |  | Chemnitzer FC | 24 | 9-7-8 | 34:30 | 4 | 34 | |
| 8. | |  | SV Wacker Burghausen | 24 | 10-4-10 | 31:33 | -2 | 34 | |
| 9. | |  | VfB Stuttgart II | 23 | 9-5-9 | 28:28 | 0 | 32 | |
| 10. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 25 | 5-15-5 | 29:31 | -2 | 30 | |
| 11. | |  | FC Hansa Rostock | 23 | 8-5-10 | 23:31 | -8 | 29 | |
| 12. | |  | Hallescher FC | 25 | 7-7-11 | 23:34 | -11 | 28 | |
| 13. | |  | Stuttgarter Kickers | 25 | 7-6-12 | 28:29 | -1 | 27 | |
| 14. | |  | Kickers Offenbach | 24 | 7-6-11 | 32:34 | -2 | 27 | |
| 15. | |  | 1. FC Saarbrücken | 24 | 7-5-12 | 32:42 | -10 | 26 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 24 | 6-7-11 | 28:42 | -14 | 25 | |
| 17. | |  | Alemannia Aachen | 24 | 5-9-10 | 23:35 | -12 | 24 | |
| 18. | |  | SV Babelsberg 03 | 24 | 6-6-12 | 19:32 | -13 | 24 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 24 | 4-9-11 | 24:43 | -19 | 21 | |
| 20. | |  | SV Darmstadt 98 | 23 | 3-9-11 | 18:33 | -15 | 18 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||