| Sa., 18.05.2013 | SC Preußen Münster - SV Babelsberg 03 | 4:1 |
| Sa., 18.05.2013 | Chemnitzer FC - SpVgg Unterhaching | 5:0 |
| Sa., 18.05.2013 | SV Darmstadt 98 - Stuttgarter Kickers | 1:1 |
| Sa., 18.05.2013 | FC Hansa Rostock - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:0 |
| Sa., 18.05.2013 | SV Wehen Wiesbaden - Karlsruher SC | 2:4 |
| Sa., 18.05.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - Kickers Offenbach | 0:0 |
| Sa., 18.05.2013 | Hallescher FC - 1. FC Saarbrücken | 2:1 |
| Sa., 18.05.2013 | VfB Stuttgart II - Borussia Dortmund II | 0:1 |
| Sa., 18.05.2013 | VfL Osnabrück - Alemannia Aachen | 4:0 |
| Sa., 18.05.2013 | SV Wacker Burghausen - Arminia Bielefeld | 1:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 38 | 23-10-5 | 69:27 | 42 | 79 | |
| 2. | |  | Arminia Bielefeld | 38 | 22-10-6 | 59:32 | 27 | 76 | |
| 3. |  |  | VfL Osnabrück | 38 | 22-7-9 | 64:35 | 29 | 73 | |
| 4. | |  | SC Preußen Münster | 38 | 20-12-6 | 63:33 | 30 | 72 | |
| 5. |  |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 38 | 21-9-8 | 69:47 | 22 | 72 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 38 | 15-10-13 | 56:47 | 9 | 55 | |
| 7. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 38 | 11-18-9 | 51:51 | 0 | 51 | |
| 8. | |  | SV Wacker Burghausen | 38 | 14-9-15 | 45:45 | 0 | 51 | |
| 9. | |  | SpVgg Unterhaching | 38 | 14-9-15 | 48:55 | -7 | 51 | |
| 10. | |  | Hallescher FC | 38 | 12-10-16 | 37:50 | -13 | 46 | |
| 11. | |  | 1. FC Saarbrücken | 38 | 12-9-17 | 52:62 | -10 | 45 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 38 | 11-11-16 | 39:52 | -13 | 44 | |
| 13. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 38 | 11-11-16 | 44:58 | -14 | 44 | |
| 14. | |  | VfB Stuttgart II | 38 | 11-10-17 | 35:42 | -7 | 43 | |
| 15. | |  | Kickers Offenbach | 38 | 11-11-16 | 41:44 | -3 | 42 | |
| 16. | |  | Borussia Dortmund II | 38 | 9-14-15 | 39:58 | -19 | 41 | |
| 17. | |  | Stuttgarter Kickers | 38 | 10-10-18 | 39:48 | -9 | 40 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 38 | 8-14-16 | 32:46 | -14 | 38 | |
| 19. | |  | SV Babelsberg 03 | 38 | 9-10-19 | 32:54 | -22 | 37 | |
| 20. | |  | Alemannia Aachen | 38 | 7-10-21 | 40:68 | -28 | 26 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||