| Di., 28.08.2012 | VfL Osnabrück - SpVgg Unterhaching | 3:0 |
| Di., 28.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - Chemnitzer FC | 3:2 |
| Di., 28.08.2012 | 1. FC Saarbrücken - Kickers Offenbach | 2:2 |
| Di., 28.08.2012 | Borussia Dortmund II - Karlsruher SC | 0:3 |
| Di., 28.08.2012 | Alemannia Aachen - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:1 |
| Mi., 29.08.2012 | SV Wacker Burghausen - FC Hansa Rostock | 2:0 |
| Mi., 29.08.2012 | VfB Stuttgart II - SV Babelsberg 03 | 2:1 |
| Mi., 29.08.2012 | Hallescher FC - SC Preußen Münster | 0:2 |
| Mi., 29.08.2012 | SV Wehen Wiesbaden - SV Darmstadt 98 | 1:1 |
| Mi., 29.08.2012 | Arminia Bielefeld - Stuttgarter Kickers | 1:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Arminia Bielefeld | 7 | 5-2-0 | 12:5 | 7 | 17 | |
| 2. |  |  | VfL Osnabrück | 7 | 5-1-1 | 10:4 | 6 | 16 | |
| 3. | |  | SC Preußen Münster | 7 | 4-2-1 | 14:7 | 7 | 14 | |
| 4. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 7 | 4-2-1 | 15:11 | 4 | 14 | |
| 5. | |  | VfB Stuttgart II | 7 | 4-1-2 | 12:8 | 4 | 13 | |
| 6. |  |  | SpVgg Unterhaching | 7 | 4-1-2 | 10:7 | 3 | 13 | |
| 7. | |  | Hallescher FC | 7 | 3-2-2 | 5:3 | 2 | 11 | |
| 8. | |  | 1. FC Saarbrücken | 7 | 3-1-3 | 11:9 | 2 | 10 | |
| 9. | |  | Chemnitzer FC | 7 | 3-1-3 | 10:9 | 1 | 10 | |
| 10. | |  | Alemannia Aachen | 7 | 2-4-1 | 9:9 | 0 | 10 | |
| 11. | |  | SV Wacker Burghausen | 7 | 3-0-4 | 8:11 | -3 | 9 | |
| 12. | |  | Stuttgarter Kickers | 7 | 2-2-3 | 9:6 | 3 | 8 | |
| 13. | |  | FC Hansa Rostock | 7 | 2-2-3 | 9:13 | -4 | 8 | |
| 14. | |  | Karlsruher SC | 7 | 1-4-2 | 6:6 | 0 | 7 | |
| 15. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 7 | 1-4-2 | 10:11 | -1 | 7 | |
| 16. | |  | Kickers Offenbach | 7 | 2-1-4 | 10:12 | -2 | 7 | |
| 17. | |  | SV Darmstadt 98 | 7 | 1-3-3 | 5:9 | -4 | 6 | |
| 18. | |  | Borussia Dortmund II | 7 | 1-2-4 | 5:13 | -8 | 5 | |
| 19. | |  | SV Babelsberg 03 | 7 | 1-1-5 | 7:12 | -5 | 4 | |
| 20. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 7 | 0-2-5 | 3:15 | -12 | 2 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||