| Fr., 14.10.2016 | SG Sonnenhof Großaspach - SC Paderborn | 2:3 |
| Sa., 15.10.2016 | SC Preußen Münster - SV Wehen Wiesbaden | 2:2 |
| Sa., 15.10.2016 | FC Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Magdeburg | 1:0 |
| Sa., 15.10.2016 | Holstein Kiel - SV Werder Bremen II | 3:1 |
| Sa., 15.10.2016 | VfR Aalen - SF Lotte | 1:1 |
| Sa., 15.10.2016 | Hallescher FC - FSV Zwickau | 3:2 |
| Sa., 15.10.2016 | FC Hansa Rostock - VfL Osnabrück | 1:2 |
| Sa., 15.10.2016 | SSV Jahn Regensburg - MSV Duisburg | 1:2 |
| So., 16.10.2016 | Chemnitzer FC - FSV Mainz 05 II | 4:1 |
| So., 16.10.2016 | FSV Frankfurt - SC Fortuna Köln | 6:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 11 | 7-3-1 | 14:7 | 7 | 24 | |
| 2. |  |  | VfL Osnabrück | 11 | 6-2-3 | 17:15 | 2 | 20 | |
| 3. |  |  | VfR Aalen | 11 | 4-6-1 | 14:10 | 4 | 18 | |
| 4. | |  | SF Lotte | 11 | 5-3-3 | 16:13 | 3 | 18 | |
| 5. | |  | Holstein Kiel | 11 | 5-2-4 | 16:8 | 8 | 17 | |
| 6. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 11 | 5-2-4 | 16:11 | 5 | 17 | |
| 7. | |  | Hallescher FC | 11 | 4-5-2 | 14:12 | 2 | 17 | |
| 8. | |  | SSV Jahn Regensburg | 11 | 5-2-4 | 19:18 | 1 | 17 | |
| 9. | |  | SC Fortuna Köln | 11 | 5-2-4 | 13:19 | -6 | 17 | |
| 10. | |  | FSV Frankfurt | 11 | 4-4-3 | 19:12 | 7 | 16 | |
| 11. | |  | FC Hansa Rostock | 11 | 4-4-3 | 15:9 | 6 | 16 | |
| 12. | |  | 1. FC Magdeburg | 11 | 5-1-5 | 15:12 | 3 | 16 | |
| 13. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 11 | 4-3-4 | 20:15 | 5 | 15 | |
| 14. | |  | Chemnitzer FC | 11 | 4-3-4 | 15:12 | 3 | 15 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 11 | 4-3-4 | 11:14 | -3 | 15 | |
| 16. | |  | SC Paderborn | 11 | 5-0-6 | 17:22 | -5 | 15 | |
| 17. | |  | SV Werder Bremen II | 11 | 3-0-8 | 10:23 | -13 | 9 | |
| 18. | |  | SC Preußen Münster | 11 | 2-2-7 | 12:17 | -5 | 8 | |
| 19. | |  | FSV Zwickau | 11 | 2-2-7 | 12:22 | -10 | 8 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 11 | 1-3-7 | 10:24 | -14 | 6 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||