| Sa., 22.10.2016 | 1. FC Magdeburg - Chemnitzer FC | 2:4 |
| Sa., 22.10.2016 | SC Paderborn - Hallescher FC | 0:0 |
| Sa., 22.10.2016 | FSV Zwickau - FSV Frankfurt | 1:1 |
| Sa., 22.10.2016 | SC Fortuna Köln - VfR Aalen | 0:2 |
| Sa., 22.10.2016 | SF Lotte - SC Preußen Münster | 1:0 |
| Sa., 22.10.2016 | SV Wehen Wiesbaden - Holstein Kiel | 0:0 |
| Sa., 22.10.2016 | MSV Duisburg - FC Hansa Rostock | 0:1 |
| Sa., 22.10.2016 | VfL Osnabrück - SG Sonnenhof Großaspach | 1:0 |
| So., 23.10.2016 | SV Werder Bremen II - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:0 |
| So., 23.10.2016 | FSV Mainz 05 II - SSV Jahn Regensburg | 2:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 12 | 7-3-2 | 14:8 | 6 | 24 | |
| 2. | |  | VfL Osnabrück | 12 | 7-2-3 | 18:15 | 3 | 23 | |
| 3. | |  | VfR Aalen | 12 | 5-6-1 | 16:10 | 6 | 21 | |
| 4. | |  | SF Lotte | 12 | 6-3-3 | 17:13 | 4 | 21 | |
| 5. |  |  | FC Hansa Rostock | 12 | 5-4-3 | 16:9 | 7 | 19 | |
| 6. |  |  | Holstein Kiel | 12 | 5-3-4 | 16:8 | 8 | 18 | |
| 7. | |  | Chemnitzer FC | 12 | 5-3-4 | 19:14 | 5 | 18 | |
| 8. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 12 | 5-3-4 | 16:11 | 5 | 18 | |
| 9. | |  | Hallescher FC | 12 | 4-6-2 | 14:12 | 2 | 18 | |
| 10. | |  | FSV Frankfurt | 12 | 4-5-3 | 20:13 | 7 | 17 | |
| 11. | |  | SSV Jahn Regensburg | 12 | 5-2-5 | 19:20 | -1 | 17 | |
| 12. | |  | SC Fortuna Köln | 12 | 5-2-5 | 13:21 | -8 | 17 | |
| 13. | |  | 1. FC Magdeburg | 12 | 5-1-6 | 17:16 | 1 | 16 | |
| 14. | |  | SC Paderborn | 12 | 5-1-6 | 17:22 | -5 | 16 | |
| 15. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 12 | 4-3-5 | 20:16 | 4 | 15 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 12 | 4-3-5 | 11:15 | -4 | 15 | |
| 17. | |  | SV Werder Bremen II | 12 | 4-0-8 | 11:23 | -12 | 12 | |
| 18. | |  | FSV Zwickau | 12 | 2-3-7 | 13:23 | -10 | 9 | |
| 19. | |  | FSV Mainz 05 II | 12 | 2-3-7 | 12:24 | -12 | 9 | |
| 20. | |  | SC Preußen Münster | 12 | 2-2-8 | 12:18 | -6 | 8 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||