| Sa., 28.01.2017 | SG Sonnenhof Großaspach - Chemnitzer FC | 2:2 |
| Sa., 28.01.2017 | VfL Osnabrück - SC Preußen Münster | 3:0 |
| Sa., 28.01.2017 | Hallescher FC - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:0 |
| Sa., 28.01.2017 | FSV Frankfurt - Holstein Kiel | 0:0 |
| Sa., 28.01.2017 | VfR Aalen - SV Wehen Wiesbaden | 1:1 |
| Sa., 28.01.2017 | SF Lotte - SV Werder Bremen II | 1:2 |
| Sa., 28.01.2017 | SC Fortuna Köln - 1. FC Magdeburg | 2:1 |
| Sa., 28.01.2017 | FSV Zwickau - FSV Mainz 05 II | 1:0 |
| Sa., 28.01.2017 | SC Paderborn - MSV Duisburg | 0:1 |
| Sa., 28.01.2017 | FC Hansa Rostock - SSV Jahn Regensburg | 0:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 20 | 10-8-2 | 22:11 | 11 | 38 | |
| 2. |  |  | VfL Osnabrück | 20 | 10-5-5 | 29:22 | 7 | 35 | |
| 3. |  |  | 1. FC Magdeburg | 20 | 10-3-7 | 31:22 | 9 | 33 | |
| 4. | |  | Hallescher FC | 20 | 8-9-3 | 21:14 | 7 | 33 | |
| 5. | |  | SC Fortuna Köln | 20 | 9-4-7 | 21:28 | -7 | 31 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 20 | 8-6-6 | 32:25 | 7 | 30 | |
| 7. | |  | Holstein Kiel | 20 | 7-8-5 | 26:15 | 11 | 29 | |
| 8. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 20 | 8-5-7 | 31:25 | 6 | 29 | |
| 9. | |  | VfR Aalen | 20 | 6-11-3 | 23:18 | 5 | 29 | |
| 10. | |  | SF Lotte | 20 | 8-4-8 | 28:25 | 3 | 28 | |
| 11. | |  | SSV Jahn Regensburg | 20 | 8-4-8 | 31:29 | 2 | 28 | |
| 12. | |  | FSV Frankfurt | 20 | 6-9-5 | 27:17 | 10 | 27 | |
| 13. | |  | FC Hansa Rostock | 20 | 6-9-5 | 24:21 | 3 | 27 | |
| 14. | |  | SV Werder Bremen II | 20 | 7-3-10 | 19:32 | -13 | 24 | |
| 15. | |  | SC Paderborn | 20 | 7-3-10 | 22:37 | -15 | 24 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 20 | 6-4-10 | 16:26 | -10 | 22 | |
| 17. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 20 | 5-6-9 | 22:26 | -4 | 21 | |
| 18. | |  | SC Preußen Münster | 20 | 6-3-11 | 21:26 | -5 | 21 | |
| 19. | |  | FSV Zwickau | 20 | 5-5-10 | 21:29 | -8 | 20 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 20 | 3-5-12 | 14:33 | -19 | 14 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||