| Fr., 10.02.2017 | VfR Aalen - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:1 |
| Fr., 10.02.2017 | VfL Osnabrück - FSV Mainz 05 II | 1:2 |
| Sa., 11.02.2017 | FSV Frankfurt - Chemnitzer FC | 0:3 |
| Sa., 11.02.2017 | SC Fortuna Köln - SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |
| Sa., 11.02.2017 | FSV Zwickau - SV Werder Bremen II | 2:1 |
| Sa., 11.02.2017 | SC Paderborn - 1. FC Magdeburg | 1:1 |
| Sa., 11.02.2017 | SG Sonnenhof Großaspach - FC Hansa Rostock | 1:1 |
| Sa., 11.02.2017 | Hallescher FC - SSV Jahn Regensburg | 1:1 |
| So., 12.02.2017 | MSV Duisburg - SC Preußen Münster | 3:2 |
| Di., 28.03.2017 | SF Lotte - Holstein Kiel | 0:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 22 | 11-9-2 | 27:15 | 12 | 42 | |
| 2. | |  | VfL Osnabrück | 22 | 10-6-6 | 32:26 | 6 | 36 | |
| 3. | |  | 1. FC Magdeburg | 22 | 10-5-7 | 33:24 | 9 | 35 | |
| 4. | |  | Hallescher FC | 22 | 8-11-3 | 23:16 | 7 | 35 | |
| 5. |  |  | Chemnitzer FC | 22 | 9-7-6 | 36:26 | 10 | 34 | |
| 6. |  |  | SC Fortuna Köln | 22 | 9-6-7 | 22:29 | -7 | 33 | |
| 7. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 22 | 8-7-7 | 33:27 | 6 | 31 | |
| 8. | |  | SF Lotte | 21 | 9-4-8 | 31:25 | 6 | 31 | |
| 9. | |  | VfR Aalen | 22 | 6-13-3 | 26:21 | 5 | 31 | |
| 10. | |  | Holstein Kiel | 21 | 7-9-5 | 28:17 | 11 | 30 | |
| 11. | |  | SSV Jahn Regensburg | 22 | 8-6-8 | 33:31 | 2 | 30 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 22 | 6-10-6 | 26:25 | 1 | 28 | |
| 13. | |  | SC Paderborn | 22 | 8-4-10 | 24:38 | -14 | 28 | |
| 14. | |  | FSV Frankfurt | 22 | 6-9-7 | 27:21 | 6 | 27 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 22 | 7-5-10 | 18:27 | -9 | 26 | |
| 16. | |  | SV Werder Bremen II | 22 | 7-4-11 | 21:35 | -14 | 25 | |
| 17. | |  | SC Preußen Münster | 22 | 7-3-12 | 26:30 | -4 | 24 | |
| 18. | |  | FSV Zwickau | 22 | 6-6-10 | 24:31 | -7 | 24 | |
| 19. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 22 | 5-7-10 | 22:29 | -7 | 22 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 22 | 4-5-13 | 16:35 | -19 | 17 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||