| Fr., 10.03.2017 | 1. FC Magdeburg - SC Preußen Münster | 1:0 |
| Fr., 10.03.2017 | VfL Osnabrück - Holstein Kiel | 2:1 |
| Sa., 11.03.2017 | SC Paderborn - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:1 |
| Sa., 11.03.2017 | MSV Duisburg - SV Wehen Wiesbaden | 0:1 |
| Sa., 11.03.2017 | FSV Mainz 05 II - SV Werder Bremen II | 0:1 |
| Sa., 11.03.2017 | FSV Frankfurt - Hallescher FC | 0:1 |
| Sa., 11.03.2017 | VfR Aalen - SG Sonnenhof Großaspach | 2:0 |
| Sa., 11.03.2017 | SF Lotte - FC Hansa Rostock | 2:0 |
| Sa., 11.03.2017 | SC Fortuna Köln - SSV Jahn Regensburg | 2:2 |
| So., 12.03.2017 | FSV Zwickau - Chemnitzer FC | 1:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 25 | 12-10-3 | 29:16 | 13 | 46 | |
| 2. | |  | 1. FC Magdeburg | 26 | 12-6-8 | 38:26 | 12 | 42 | |
| 3. |  |  | SF Lotte | 25 | 12-4-9 | 39:27 | 12 | 40 | |
| 4. |  |  | SSV Jahn Regensburg | 26 | 11-7-8 | 41:35 | 6 | 40 | |
| 5. | |  | Hallescher FC | 26 | 9-12-5 | 25:19 | 6 | 39 | |
| 6. | |  | VfL Osnabrück | 26 | 11-6-9 | 35:33 | 2 | 39 | |
| 7. | |  | VfR Aalen | 26 | 8-14-4 | 31:24 | 7 | 38 | |
| 8. | |  | Chemnitzer FC | 26 | 10-7-9 | 39:32 | 7 | 37 | |
| 9. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 26 | 10-7-9 | 37:33 | 4 | 37 | |
| 10. | |  | Holstein Kiel | 25 | 9-9-7 | 36:22 | 14 | 36 | |
| 11. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 26 | 9-7-10 | 29:30 | -1 | 34 | |
| 12. | |  | SV Werder Bremen II | 25 | 10-4-11 | 24:35 | -11 | 34 | |
| 13. | |  | SC Fortuna Köln | 26 | 9-7-10 | 26:40 | -14 | 34 | |
| 14. | |  | FC Hansa Rostock | 26 | 7-12-7 | 28:28 | 0 | 33 | |
| 15. | |  | FSV Zwickau | 26 | 9-6-11 | 29:35 | -6 | 33 | |
| 16. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 26 | 9-5-12 | 21:33 | -12 | 32 | |
| 17. | |  | FSV Frankfurt | 26 | 6-10-10 | 29:27 | 2 | 28 | |
| 18. | |  | SC Preußen Münster | 26 | 8-4-14 | 31:35 | -4 | 28 | |
| 19. | |  | SC Paderborn | 26 | 8-4-14 | 25:43 | -18 | 28 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 26 | 6-5-15 | 21:40 | -19 | 23 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||