| Di., 14.03.2017 | SV Werder Bremen II - 1. FC Magdeburg | 0:1 |
| Di., 14.03.2017 | Hallescher FC - VfR Aalen | 1:4 |
| Di., 14.03.2017 | SC Preußen Münster - FSV Frankfurt | 2:1 |
| Di., 14.03.2017 | Holstein Kiel - MSV Duisburg | 2:0 |
| Di., 14.03.2017 | FC Rot-Weiß Erfurt - VfL Osnabrück | 1:0 |
| Mi., 15.03.2017 | Chemnitzer FC - SC Paderborn | 2:1 |
| Mi., 15.03.2017 | SSV Jahn Regensburg - FSV Zwickau | 1:2 |
| Mi., 15.03.2017 | FC Hansa Rostock - SC Fortuna Köln | 1:1 |
| Mi., 15.03.2017 | SV Wehen Wiesbaden - FSV Mainz 05 II | 0:2 |
| Mi., 22.03.2017 | SG Sonnenhof Großaspach - SF Lotte | 2:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 27 | 12-11-4 | 29:18 | 11 | 47 | |
| 2. | |  | 1. FC Magdeburg | 27 | 13-6-8 | 39:26 | 13 | 45 | |
| 3. |  |  | VfR Aalen | 27 | 9-14-4 | 35:25 | 10 | 41 | |
| 4. |  |  | SF Lotte | 25 | 12-4-9 | 39:27 | 12 | 40 | |
| 5. | |  | Chemnitzer FC | 27 | 11-7-9 | 41:33 | 8 | 40 | |
| 6. | |  | SSV Jahn Regensburg | 27 | 11-7-9 | 42:37 | 5 | 40 | |
| 7. | |  | Holstein Kiel | 26 | 10-9-7 | 38:22 | 16 | 39 | |
| 8. | |  | Hallescher FC | 27 | 9-12-6 | 26:23 | 3 | 39 | |
| 9. | |  | VfL Osnabrück | 27 | 11-6-10 | 35:34 | 1 | 39 | |
| 10. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 26 | 10-7-9 | 37:33 | 4 | 37 | |
| 11. | |  | FSV Zwickau | 27 | 10-6-11 | 31:36 | -5 | 36 | |
| 12. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 27 | 10-5-12 | 22:33 | -11 | 35 | |
| 13. | |  | SV Werder Bremen II | 27 | 10-5-12 | 24:36 | -12 | 35 | |
| 14. | |  | SC Fortuna Köln | 27 | 9-8-10 | 27:41 | -14 | 35 | |
| 15. | |  | FC Hansa Rostock | 27 | 7-13-7 | 29:29 | 0 | 34 | |
| 16. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 27 | 9-7-11 | 29:32 | -3 | 34 | |
| 17. | |  | SC Preußen Münster | 27 | 9-4-14 | 33:36 | -3 | 31 | |
| 18. | |  | FSV Frankfurt | 27 | 6-10-11 | 30:29 | 1 | 28 | |
| 19. | |  | SC Paderborn | 27 | 8-4-15 | 26:45 | -19 | 28 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 27 | 7-5-15 | 23:40 | -17 | 26 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||