| Fr., 16.09.2016 | Chemnitzer FC - FSV Zwickau | 1:0 |
| Fr., 16.09.2016 | Holstein Kiel - VfL Osnabrück | 0:1 |
| Fr., 16.09.2016 | SV Wehen Wiesbaden - MSV Duisburg | 3:0 |
| Sa., 17.09.2016 | SC Preußen Münster - 1. FC Magdeburg | 2:3 |
| Sa., 17.09.2016 | FC Rot-Weiß Erfurt - SC Paderborn | 1:3 |
| Sa., 17.09.2016 | SV Werder Bremen II - FSV Mainz 05 II | 2:1 |
| Sa., 17.09.2016 | Hallescher FC - FSV Frankfurt | 1:1 |
| Sa., 17.09.2016 | SG Sonnenhof Großaspach - VfR Aalen | 2:2 |
| Sa., 17.09.2016 | FC Hansa Rostock - SF Lotte | 1:3 |
| Sa., 17.09.2016 | SSV Jahn Regensburg - SC Fortuna Köln | 2:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SF Lotte | 7 | 4-2-1 | 13:8 | 5 | 14 | |
| 2. |  |  | MSV Duisburg | 7 | 4-2-1 | 10:6 | 4 | 14 | |
| 3. | |  | VfL Osnabrück | 7 | 4-2-1 | 11:9 | 2 | 14 | |
| 4. | |  | VfR Aalen | 7 | 3-4-0 | 10:6 | 4 | 13 | |
| 5. | |  | SC Fortuna Köln | 7 | 4-1-2 | 9:8 | 1 | 13 | |
| 6. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 7 | 3-3-1 | 13:7 | 6 | 12 | |
| 7. | |  | SSV Jahn Regensburg | 7 | 3-2-2 | 13:11 | 2 | 11 | |
| 8. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 7 | 3-2-2 | 9:9 | 0 | 11 | |
| 9. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 7 | 3-1-3 | 11:5 | 6 | 10 | |
| 10. | |  | Holstein Kiel | 7 | 3-1-3 | 10:6 | 4 | 10 | |
| 11. | |  | Chemnitzer FC | 7 | 2-3-2 | 6:6 | 0 | 9 | |
| 12. | |  | Hallescher FC | 7 | 2-3-2 | 7:8 | -1 | 9 | |
| 13. | |  | SC Paderborn | 7 | 3-0-4 | 10:12 | -2 | 9 | |
| 14. | |  | SV Werder Bremen II | 7 | 3-0-4 | 9:13 | -4 | 9 | |
| 15. | |  | 1. FC Magdeburg | 7 | 2-1-4 | 9:11 | -2 | 7 | |
| 16. | |  | FC Hansa Rostock | 7 | 1-4-2 | 4:7 | -3 | 7 | |
| 17. | |  | FSV Zwickau | 7 | 1-2-4 | 6:12 | -6 | 5 | |
| 18. | |  | FSV Mainz 05 II | 7 | 1-2-4 | 7:14 | -7 | 5 | |
| 19. | |  | FSV Frankfurt | 7 | 0-4-3 | 6:10 | -4 | 4 | |
| 20. | |  | SC Preußen Münster | 7 | 1-1-5 | 5:10 | -5 | 4 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||