| Di., 20.09.2016 | FSV Zwickau - SSV Jahn Regensburg | 4:0 |
| Di., 20.09.2016 | VfR Aalen - Hallescher FC | 1:1 |
| Di., 20.09.2016 | VfL Osnabrück - FC Rot-Weiß Erfurt | 3:0 |
| Di., 20.09.2016 | MSV Duisburg - Holstein Kiel | 0:0 |
| Mi., 21.09.2016 | SC Paderborn - Chemnitzer FC | 4:2 |
| Mi., 21.09.2016 | 1. FC Magdeburg - SV Werder Bremen II | 2:0 |
| Mi., 21.09.2016 | SC Fortuna Köln - FC Hansa Rostock | 0:2 |
| Mi., 21.09.2016 | SF Lotte - SG Sonnenhof Großaspach | 2:1 |
| Mi., 21.09.2016 | FSV Frankfurt - SC Preußen Münster | 4:1 |
| Mi., 21.09.2016 | FSV Mainz 05 II - SV Wehen Wiesbaden | 1:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SF Lotte | 8 | 5-2-1 | 15:9 | 6 | 17 | |
| 2. |  |  | VfL Osnabrück | 8 | 5-2-1 | 14:9 | 5 | 17 | |
| 3. |  |  | MSV Duisburg | 8 | 4-3-1 | 10:6 | 4 | 15 | |
| 4. | |  | VfR Aalen | 8 | 3-5-0 | 11:7 | 4 | 14 | |
| 5. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 8 | 4-1-3 | 13:6 | 7 | 13 | |
| 6. | |  | SC Fortuna Köln | 8 | 4-1-3 | 9:10 | -1 | 13 | |
| 7. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 8 | 3-3-2 | 14:9 | 5 | 12 | |
| 8. | |  | SC Paderborn | 8 | 4-0-4 | 14:14 | 0 | 12 | |
| 9. | |  | Holstein Kiel | 8 | 3-2-3 | 10:6 | 4 | 11 | |
| 10. | |  | SSV Jahn Regensburg | 8 | 3-2-3 | 13:15 | -2 | 11 | |
| 11. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 8 | 3-2-3 | 9:12 | -3 | 11 | |
| 12. | |  | 1. FC Magdeburg | 8 | 3-1-4 | 11:11 | 0 | 10 | |
| 13. | |  | Hallescher FC | 8 | 2-4-2 | 8:9 | -1 | 10 | |
| 14. | |  | FC Hansa Rostock | 8 | 2-4-2 | 6:7 | -1 | 10 | |
| 15. | |  | Chemnitzer FC | 8 | 2-3-3 | 8:10 | -2 | 9 | |
| 16. | |  | SV Werder Bremen II | 8 | 3-0-5 | 9:15 | -6 | 9 | |
| 17. | |  | FSV Zwickau | 8 | 2-2-4 | 10:12 | -2 | 8 | |
| 18. | |  | FSV Frankfurt | 8 | 1-4-3 | 10:11 | -1 | 7 | |
| 19. | |  | FSV Mainz 05 II | 8 | 1-2-5 | 8:16 | -8 | 5 | |
| 20. | |  | SC Preußen Münster | 8 | 1-1-6 | 6:14 | -8 | 4 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||