| Fr., 03.05.2013 | VfB Stuttgart II - Arminia Bielefeld | 0:1 |
| Fr., 03.05.2013 | SV Wehen Wiesbaden - 1. FC Saarbrücken | 3:1 |
| Sa., 04.05.2013 | VfL Osnabrück - SV Wacker Burghausen | 1:0 |
| Sa., 04.05.2013 | SV Babelsberg 03 - SpVgg Unterhaching | 3:1 |
| Sa., 04.05.2013 | SC Preußen Münster - Stuttgarter Kickers | 0:1 |
| Sa., 04.05.2013 | Chemnitzer FC - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:2 |
| Sa., 04.05.2013 | FC Hansa Rostock - Kickers Offenbach | 2:2 |
| Sa., 04.05.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - Borussia Dortmund II | 2:2 |
| Sa., 04.05.2013 | Hallescher FC - Alemannia Aachen | 1:0 |
| So., 05.05.2013 | SV Darmstadt 98 - Karlsruher SC | 0:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 36 | 22-9-5 | 64:24 | 40 | 75 | |
| 2. | |  | Arminia Bielefeld | 36 | 21-10-5 | 58:31 | 27 | 73 | |
| 3. |  |  | VfL Osnabrück | 36 | 21-7-8 | 60:34 | 26 | 70 | |
| 4. |  |  | SC Preußen Münster | 36 | 19-12-5 | 59:29 | 30 | 69 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 36 | 20-8-8 | 67:46 | 21 | 68 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 36 | 14-9-13 | 50:46 | 4 | 51 | |
| 7. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 36 | 11-18-7 | 49:46 | 3 | 51 | |
| 8. | |  | SpVgg Unterhaching | 36 | 13-9-14 | 45:50 | -5 | 48 | |
| 9. | |  | SV Wacker Burghausen | 36 | 12-9-15 | 40:45 | -5 | 45 | |
| 10. | |  | 1. FC Saarbrücken | 36 | 12-9-15 | 50:58 | -8 | 45 | |
| 11. | |  | VfB Stuttgart II | 36 | 11-10-15 | 33:37 | -4 | 43 | |
| 12. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 36 | 11-10-15 | 42:54 | -12 | 43 | |
| 13. | |  | FC Hansa Rostock | 36 | 11-9-16 | 38:51 | -13 | 42 | |
| 14. | |  | Hallescher FC | 36 | 11-9-16 | 33:47 | -14 | 42 | |
| 15. | |  | Kickers Offenbach | 36 | 10-10-16 | 40:44 | -4 | 38 | |
| 16. | |  | Stuttgarter Kickers | 36 | 10-8-18 | 37:46 | -9 | 38 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 36 | 9-10-17 | 31:46 | -15 | 37 | |
| 18. | |  | Borussia Dortmund II | 36 | 8-13-15 | 36:56 | -20 | 37 | |
| 19. | |  | SV Darmstadt 98 | 36 | 7-13-16 | 27:43 | -16 | 34 | |
| 20. | |  | Alemannia Aachen | 36 | 6-10-20 | 36:62 | -26 | 26 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||