| Sa., 30.03.2013 | 1. FC Saarbrücken - SV Babelsberg 03 | 2:1 |
| Sa., 30.03.2013 | Kickers Offenbach - SpVgg Unterhaching | 1:0 |
| Sa., 30.03.2013 | Karlsruher SC - Stuttgarter Kickers | 3:0 |
| Sa., 30.03.2013 | SV Wacker Burghausen - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:0 |
| Sa., 30.03.2013 | VfL Osnabrück - FC Hansa Rostock | 3:2 |
| Sa., 30.03.2013 | Arminia Bielefeld - SV Darmstadt 98 | 0:0 |
| Sa., 30.03.2013 | Alemannia Aachen - Chemnitzer FC | 1:5 |
| Sa., 30.03.2013 | Borussia Dortmund II - SC Preußen Münster | 0:0 |
| So., 31.03.2013 | VfB Stuttgart II - SV Wehen Wiesbaden | 1:1 |
| Di., 16.04.2013 | Hallescher FC - 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 30 | 18-9-3 | 54:18 | 36 | 63 | |
| 2. | |  | Arminia Bielefeld | 31 | 17-10-4 | 50:26 | 24 | 61 | |
| 3. |  |  | VfL Osnabrück | 31 | 18-6-7 | 51:28 | 23 | 60 | |
| 4. |  |  | SC Preußen Münster | 30 | 16-10-4 | 51:23 | 28 | 58 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 30 | 17-5-8 | 57:41 | 16 | 56 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 30 | 12-8-10 | 44:37 | 7 | 44 | |
| 7. | |  | SpVgg Unterhaching | 31 | 12-8-11 | 40:41 | -1 | 44 | |
| 8. | |  | SV Wacker Burghausen | 31 | 11-7-13 | 36:39 | -3 | 40 | |
| 9. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 31 | 7-18-6 | 37:37 | 0 | 39 | |
| 10. | |  | VfB Stuttgart II | 29 | 10-8-11 | 30:32 | -2 | 38 | |
| 11. | |  | 1. FC Saarbrücken | 31 | 10-7-14 | 41:50 | -9 | 37 | |
| 12. | |  | Hallescher FC | 30 | 10-7-13 | 30:40 | -10 | 37 | |
| 13. | |  | Kickers Offenbach | 30 | 10-7-13 | 38:37 | 1 | 35 | |
| 14. | |  | FC Hansa Rostock | 30 | 9-7-14 | 28:41 | -13 | 34 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 28 | 7-8-13 | 30:45 | -15 | 29 | |
| 16. | |  | SV Darmstadt 98 | 30 | 6-11-13 | 23:38 | -15 | 29 | |
| 17. | |  | Stuttgarter Kickers | 30 | 7-7-16 | 29:41 | -12 | 28 | |
| 18. | |  | SV Babelsberg 03 | 28 | 7-6-15 | 22:38 | -16 | 27 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 27 | 5-10-12 | 26:45 | -19 | 25 | |
| 20. | |  | Alemannia Aachen | 30 | 6-9-15 | 29:49 | -20 | 25 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||