| Fr., 19.04.2013 | SV Wehen Wiesbaden - Alemannia Aachen | 3:2 |
| Sa., 20.04.2013 | VfB Stuttgart II - SV Wacker Burghausen | 0:0 |
| Sa., 20.04.2013 | Hallescher FC - VfL Osnabrück | 1:2 |
| Sa., 20.04.2013 | SpVgg Unterhaching - Stuttgarter Kickers | 1:1 |
| Sa., 20.04.2013 | SV Babelsberg 03 - FC Rot-Weiß Erfurt | 1:1 |
| Sa., 20.04.2013 | SC Preußen Münster - Karlsruher SC | 2:1 |
| Sa., 20.04.2013 | Chemnitzer FC - Kickers Offenbach | 2:0 |
| Sa., 20.04.2013 | SV Darmstadt 98 - 1. FC Saarbrücken | 1:2 |
| Sa., 20.04.2013 | FC Hansa Rostock - Borussia Dortmund II | 2:0 |
| Sa., 20.04.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 - Arminia Bielefeld | 3:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Karlsruher SC | 34 | 20-9-5 | 59:23 | 36 | 69 | |
| 2. |  |  | SC Preußen Münster | 34 | 19-11-4 | 58:27 | 31 | 68 | |
| 3. |  |  | Arminia Bielefeld | 34 | 19-10-5 | 55:30 | 25 | 67 | |
| 4. | |  | VfL Osnabrück | 34 | 19-7-8 | 57:34 | 23 | 64 | |
| 5. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 34 | 19-7-8 | 63:43 | 20 | 64 | |
| 6. | |  | Chemnitzer FC | 34 | 14-9-11 | 48:40 | 8 | 51 | |
| 7. | |  | SpVgg Unterhaching | 34 | 13-9-12 | 43:44 | -1 | 48 | |
| 8. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 34 | 9-18-7 | 44:44 | 0 | 45 | |
| 9. | |  | 1. FC Saarbrücken | 34 | 12-8-14 | 48:54 | -6 | 44 | |
| 10. | |  | VfB Stuttgart II | 34 | 11-10-13 | 33:34 | -1 | 43 | |
| 11. | |  | SV Wacker Burghausen | 34 | 11-9-14 | 37:43 | -6 | 42 | |
| 12. | |  | FC Hansa Rostock | 34 | 11-7-16 | 35:48 | -13 | 40 | |
| 13. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 33 | 10-9-14 | 36:48 | -12 | 39 | |
| 14. | |  | Hallescher FC | 34 | 10-9-15 | 31:45 | -14 | 39 | |
| 15. | |  | Kickers Offenbach | 34 | 10-9-15 | 38:40 | -2 | 37 | |
| 16. | |  | SV Babelsberg 03 | 33 | 8-9-16 | 26:42 | -16 | 33 | |
| 17. | |  | Stuttgarter Kickers | 34 | 8-8-18 | 34:45 | -11 | 32 | |
| 18. | |  | Borussia Dortmund II | 32 | 7-11-14 | 28:48 | -20 | 32 | |
| 19. | |  | SV Darmstadt 98 | 34 | 6-13-15 | 25:42 | -17 | 31 | |
| 20. | |  | Alemannia Aachen | 34 | 6-10-18 | 35:59 | -24 | 26 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||