| Fr., 20.07.2012 | Arminia Bielefeld - Alemannia Aachen | 1:1 |
| Sa., 21.07.2012 | SV Wacker Burghausen - SC Preußen Münster | 0:2 |
| Sa., 21.07.2012 | VfL Osnabrück - Borussia Dortmund II | 2:0 |
| Sa., 21.07.2012 | VfB Stuttgart II - 1. FC Saarbrücken | 0:1 |
| Sa., 21.07.2012 | Hallescher FC - Kickers Offenbach | 1:0 |
| Sa., 21.07.2012 | SV Wehen Wiesbaden - FC Rot-Weiß Erfurt | 3:1 |
| Sa., 21.07.2012 | FC Hansa Rostock - Stuttgarter Kickers | 2:1 |
| Sa., 21.07.2012 | SV Darmstadt 98 - SpVgg Unterhaching | 0:0 |
| Sa., 21.07.2012 | Chemnitzer FC - SV Babelsberg 03 | 1:0 |
| Sa., 21.07.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - Karlsruher SC | 2:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | SV Wehen Wiesbaden | 1 | 1-0-0 | 3:1 | 2 | 3 | |
| 2. | |  | VfL Osnabrück | 1 | 1-0-0 | 2:0 | 2 | 3 | |
| 3. | |  | SC Preußen Münster | 1 | 1-0-0 | 2:0 | 2 | 3 | |
| 4. | |  | FC Hansa Rostock | 1 | 1-0-0 | 2:1 | 1 | 3 | |
| 5. | |  | Chemnitzer FC | 1 | 1-0-0 | 1:0 | 1 | 3 | |
| 6. | |  | 1. FC Saarbrücken | 1 | 1-0-0 | 1:0 | 1 | 3 | |
| 7. | |  | Hallescher FC | 1 | 1-0-0 | 1:0 | 1 | 3 | |
| 8. | |  | Karlsruher SC | 1 | 0-1-0 | 2:2 | 0 | 1 | |
| 9. | |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 1 | 0-1-0 | 2:2 | 0 | 1 | |
| 10. | |  | Alemannia Aachen | 1 | 0-1-0 | 1:1 | 0 | 1 | |
| 11. | |  | Arminia Bielefeld | 1 | 0-1-0 | 1:1 | 0 | 1 | |
| 12. | |  | SV Darmstadt 98 | 1 | 0-1-0 | 0:0 | 0 | 1 | |
| 13. | |  | SpVgg Unterhaching | 1 | 0-1-0 | 0:0 | 0 | 1 | |
| 14. | |  | Stuttgarter Kickers | 1 | 0-0-1 | 1:2 | -1 | 0 | |
| 15. | |  | SV Babelsberg 03 | 1 | 0-0-1 | 0:1 | -1 | 0 | |
| 16. | |  | Kickers Offenbach | 1 | 0-0-1 | 0:1 | -1 | 0 | |
| 17. | |  | VfB Stuttgart II | 1 | 0-0-1 | 0:1 | -1 | 0 | |
| 18. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 1 | 0-0-1 | 1:3 | -2 | 0 | |
| 19. | |  | Borussia Dortmund II | 1 | 0-0-1 | 0:2 | -2 | 0 | |
| 20. | |  | SV Wacker Burghausen | 1 | 0-0-1 | 0:2 | -2 | 0 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||