| Fr., 14.09.2012 | VfB Stuttgart II - Chemnitzer FC | 0:1 |
| Sa., 15.09.2012 | SV Wacker Burghausen - SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |
| Sa., 15.09.2012 | VfL Osnabrück - SC Preußen Münster | 0:2 |
| Sa., 15.09.2012 | Hallescher FC - SV Darmstadt 98 | 2:2 |
| Sa., 15.09.2012 | Kickers Offenbach - Karlsruher SC | 1:1 |
| Sa., 15.09.2012 | 1. FC Saarbrücken - FC Rot-Weiß Erfurt | 0:2 |
| Sa., 15.09.2012 | Alemannia Aachen - SpVgg Unterhaching | 1:3 |
| Sa., 15.09.2012 | Arminia Bielefeld - SV Babelsberg 03 | 3:0 |
| So., 16.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 - FC Hansa Rostock | 1:2 |
| So., 16.09.2012 | Borussia Dortmund II - Stuttgarter Kickers | 1:1 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | Arminia Bielefeld | 9 | 6-2-1 | 17:8 | 9 | 20 | |
| 2. | |  | SpVgg Unterhaching | 9 | 6-1-2 | 16:10 | 6 | 19 | |
| 3. | |  | SC Preußen Münster | 9 | 5-3-1 | 16:7 | 9 | 18 | |
| 4. |  |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 9 | 5-2-2 | 18:13 | 5 | 17 | |
| 5. | |  | VfL Osnabrück | 9 | 5-1-3 | 10:7 | 3 | 16 | |
| 6. |  |  | VfB Stuttgart II | 9 | 4-2-3 | 12:9 | 3 | 14 | |
| 7. | |  | Chemnitzer FC | 9 | 4-2-3 | 12:10 | 2 | 14 | |
| 8. | |  | Hallescher FC | 9 | 3-4-2 | 8:6 | 2 | 13 | |
| 9. | |  | Stuttgarter Kickers | 9 | 3-3-3 | 13:8 | 5 | 12 | |
| 10. | |  | FC Hansa Rostock | 9 | 3-3-3 | 12:15 | -3 | 12 | |
| 11. | |  | Karlsruher SC | 9 | 2-5-2 | 10:7 | 3 | 11 | |
| 12. | |  | Kickers Offenbach | 9 | 3-2-4 | 12:13 | -1 | 11 | |
| 13. | |  | 1. FC Saarbrücken | 9 | 3-1-5 | 11:14 | -3 | 10 | |
| 14. | |  | Alemannia Aachen | 9 | 2-4-3 | 11:15 | -4 | 10 | |
| 15. | |  | SV Wacker Burghausen | 9 | 3-1-5 | 8:12 | -4 | 10 | |
| 16. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 9 | 1-6-2 | 11:12 | -1 | 9 | |
| 17. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 9 | 2-2-5 | 10:15 | -5 | 8 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 9 | 1-4-4 | 7:13 | -6 | 7 | |
| 19. | |  | SV Babelsberg 03 | 9 | 2-1-6 | 8:15 | -7 | 7 | |
| 20. | |  | Borussia Dortmund II | 9 | 1-3-5 | 6:19 | -13 | 6 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||