| Sa., 01.09.2012 | SV Babelsberg 03 - VfL Osnabrück | 1:0 |
| Sa., 01.09.2012 | SpVgg Unterhaching - Arminia Bielefeld | 3:2 |
| Sa., 01.09.2012 | Stuttgarter Kickers - Alemannia Aachen | 3:1 |
| Sa., 01.09.2012 | FC Rot-Weiß Erfurt - Borussia Dortmund II | 5:0 |
| Sa., 01.09.2012 | Kickers Offenbach - SV Wacker Burghausen | 1:0 |
| Sa., 01.09.2012 | FC Hansa Rostock - SV Wehen Wiesbaden | 1:1 |
| Sa., 01.09.2012 | Chemnitzer FC - Hallescher FC | 1:1 |
| Sa., 01.09.2012 | SC Preußen Münster - VfB Stuttgart II | 0:0 |
| So., 02.09.2012 | Karlsruher SC - 1. FC Saarbrücken | 3:0 |
| So., 02.09.2012 | SV Darmstadt 98 - 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | 1. FC Heidenheim 1846 | 8 | 5-2-1 | 17:11 | 6 | 17 | |
| 2. |  |  | Arminia Bielefeld | 8 | 5-2-1 | 14:8 | 6 | 17 | |
| 3. | |  | VfL Osnabrück | 8 | 5-1-2 | 10:5 | 5 | 16 | |
| 4. | |  | SpVgg Unterhaching | 8 | 5-1-2 | 13:9 | 4 | 16 | |
| 5. | |  | SC Preußen Münster | 8 | 4-3-1 | 14:7 | 7 | 15 | |
| 6. | |  | VfB Stuttgart II | 8 | 4-2-2 | 12:8 | 4 | 14 | |
| 7. |  |  | Hallescher FC | 8 | 3-3-2 | 6:4 | 2 | 12 | |
| 8. | |  | Stuttgarter Kickers | 8 | 3-2-3 | 12:7 | 5 | 11 | |
| 9. | |  | Chemnitzer FC | 8 | 3-2-3 | 11:10 | 1 | 11 | |
| 10. | |  | Karlsruher SC | 8 | 2-4-2 | 9:6 | 3 | 10 | |
| 11. | |  | 1. FC Saarbrücken | 8 | 3-1-4 | 11:12 | -1 | 10 | |
| 12. | |  | Kickers Offenbach | 8 | 3-1-4 | 11:12 | -1 | 10 | |
| 13. | |  | Alemannia Aachen | 8 | 2-4-2 | 10:12 | -2 | 10 | |
| 14. | |  | FC Hansa Rostock | 8 | 2-3-3 | 10:14 | -4 | 9 | |
| 15. | |  | SV Wacker Burghausen | 8 | 3-0-5 | 8:12 | -4 | 9 | |
| 16. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 8 | 1-5-2 | 11:12 | -1 | 8 | |
| 17. | |  | SV Babelsberg 03 | 8 | 2-1-5 | 8:12 | -4 | 7 | |
| 18. | |  | SV Darmstadt 98 | 8 | 1-3-4 | 5:11 | -6 | 6 | |
| 19. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 8 | 1-2-5 | 8:15 | -7 | 5 | |
| 20. | |  | Borussia Dortmund II | 8 | 1-2-5 | 5:18 | -13 | 5 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Je zwei Punkte Abzug für Alemannia Aachen und Offenbacher Kickers aufgrund Lizenzverstößen ab 29. Spieltag bereits eingerechnet. Ein weiterer Abzug von 3 Punkten für Alemannia Aachen nach dem 37. Spieltag ist ebenfalls eingerechnet. Die Offenbacher Kickers erhielten keine Lizenz für die folgende Spielzeit 2013/2014 und müssen deshalb absteigen. Dafür verbleibt der sportliche Absteiger SV Darmstadt 98 in der Liga. | |||||||||