| Sa., 24.09.2016 | Chemnitzer FC - VfL Osnabrück | 3:0 |
| Sa., 24.09.2016 | SC Preußen Münster - SV Werder Bremen II | 4:0 |
| Sa., 24.09.2016 | Holstein Kiel - FSV Mainz 05 II | 3:0 |
| Sa., 24.09.2016 | FSV Frankfurt - VfR Aalen | 2:1 |
| Sa., 24.09.2016 | Hallescher FC - SF Lotte | 2:0 |
| Sa., 24.09.2016 | SG Sonnenhof Großaspach - SC Fortuna Köln | 2:3 |
| Sa., 24.09.2016 | SSV Jahn Regensburg - SC Paderborn | 3:0 |
| So., 25.09.2016 | FC Rot-Weiß Erfurt - MSV Duisburg | 0:1 |
| So., 25.09.2016 | SV Wehen Wiesbaden - 1. FC Magdeburg | 0:3 |
| So., 25.09.2016 | FC Hansa Rostock - FSV Zwickau | 5:0 |
| Sp. | S-U-N | Tore | Diff. | P | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. |  |  | MSV Duisburg | 9 | 5-3-1 | 11:6 | 5 | 18 | |
| 2. |  |  | SF Lotte | 9 | 5-2-2 | 15:11 | 4 | 17 | |
| 3. | |  | VfL Osnabrück | 9 | 5-2-2 | 14:12 | 2 | 17 | |
| 4. | |  | SC Fortuna Köln | 9 | 5-1-3 | 12:12 | 0 | 16 | |
| 5. | |  | Holstein Kiel | 9 | 4-2-3 | 13:6 | 7 | 14 | |
| 6. | |  | VfR Aalen | 9 | 3-5-1 | 12:9 | 3 | 14 | |
| 7. | |  | SSV Jahn Regensburg | 9 | 4-2-3 | 16:15 | 1 | 14 | |
| 8. | |  | SV Wehen Wiesbaden | 9 | 4-1-4 | 13:9 | 4 | 13 | |
| 9. | |  | FC Hansa Rostock | 9 | 3-4-2 | 11:7 | 4 | 13 | |
| 10. | |  | 1. FC Magdeburg | 9 | 4-1-4 | 14:11 | 3 | 13 | |
| 11. | |  | Hallescher FC | 9 | 3-4-2 | 10:9 | 1 | 13 | |
| 12. | |  | SG Sonnenhof Großaspach | 9 | 3-3-3 | 16:12 | 4 | 12 | |
| 13. | |  | Chemnitzer FC | 9 | 3-3-3 | 11:10 | 1 | 12 | |
| 14. | |  | SC Paderborn | 9 | 4-0-5 | 14:17 | -3 | 12 | |
| 15. | |  | FC Rot-Weiß Erfurt | 9 | 3-2-4 | 9:13 | -4 | 11 | |
| 16. | |  | FSV Frankfurt | 9 | 2-4-3 | 12:12 | 0 | 10 | |
| 17. | |  | SV Werder Bremen II | 9 | 3-0-6 | 9:19 | -10 | 9 | |
| 18. | |  | FSV Zwickau | 9 | 2-2-5 | 10:17 | -7 | 8 | |
| 19. | |  | SC Preußen Münster | 9 | 2-1-6 | 10:14 | -4 | 7 | |
| 20. | |  | FSV Mainz 05 II | 9 | 1-2-6 | 8:19 | -11 | 5 | |
| Bemerkungen zur Tabelle: Dem VfR Aalen wurden wegen eines Insolvenzantrags 9 Punkte abgezogen, der am 18. Mai vom Ständigen Neutralen Schiedsgericht bestätigt wurde. Dem FSV Frankfurt wurden wegen eines Insolvenzantrags am 16. Mai ebenfalls 9 Punkte abgezogen, nachdem der Klub auf den Gang vors DFB-Bundesgericht verzichtet hatte.. | |||||||||